Las acciones de las guerrillas comunistas, y de sus colaboradores, se extendieron de forma esporádica y muy débil hasta más allá de 1951. Sus acciones pasaron relativamente desapercibidas para los españoles, mucho más que las acciones de ETA, en general por el carácter rural de muchas de ellas y por el tratamiento que dio la prensa de las mismas.

En el archivo de Yagüe existe mucha información sobre las actividades del maquis, pero que no están relacionadas directamente con los combates a campo abierto hasta ahora descritos. Así, por ejemplo, el director general de Seguridad pide a los capitanes generales que los soldados que viajen en tren lleven un pasaporte y documentación al día, aparte del uniforme, pues los viajes de los mismos podrían servir para que los maquis se moviesen por España con impunidad disfrazados de soldados.

En diciembre de 1944 se descubrió una mochila con explosivo y también a un soldado del Gobierno Militar de Burgos que facilitaba salvoconductos de las zonas impermeabilizadas a los maquis para que pudiesen romper el bloqueo. Los comunistas tenían infiltrados en los cuarteles generales y planas mayores de las unidades a sus partidarios, como vemos en los casos anteriores. También es de destacar la publicación de planes reservados militares en la revista L'Espagne Nouvelle, un órgano de los exilados en Francia, que sin lugar a dudas fueron facilitados por algún comunista que se encontraba haciendo el servicio militar. La infiltración en las filas del ejército no resultaba muy difícil, ya que los soldados que integraban todas las unidades de la Península eran reclutas con todo tipo de procedencia.[662] En el archivo existen también informes sobre algunos maestros y secretarios municipales que colaboraban con los guerrilleros.

Una vez vencida la gran infiltración de maquis de finales de 1944, quedaron diversos grupos por toda la geografía nacional que continuaron haciendo atentados y lucha armada, tanto en las ciudades como en el campo. En abril de 1945 el grupo comunista del coronel Vitini, por ejemplo, asesinó en Madrid a dos falangistas, las bestias negras del PCE. El incidente provocó quince detenciones, entre ellas la del propio Vitini —ex coronel de la Resistencia francesa— y la de cuatro mujeres que hacían labores de enlace. El 23 los tribunales militares los juzgaron sumariamente e impusieron ocho penas de muerte, siendo conmutadas las de las mujeres, a pesar de ser las autoras de la información sobre el local de Falange donde se cometieron los asesinatos. Las cuatro penas de muerte no conmutadas se cumplieron el 28 del mismo mes.

Vitini fue sustituido por Cristino García, otro comunista que había participado en la invasión del valle de Arán y héroe de la Resistencia francesa. Nada más llegar asesinó a un policía en Manresa y a un sargento de la Guardia Civil, e hirió a dos números, cuando intentaba volar un tramo de vía férrea. Fue apresado y fusilado en febrero de 1946, lamentando únicamente ante sus jueces no haber podido cometer más atentados.

Si la represión de los delitos anteriores estuvo por lo general en manos de la Policía Armada y la Guardia Civil, a los militares se les siguió encomendando la vigilancia de las fronteras y la lucha contra las guerrillas rurales, en estrecha colaboración con la Guardia Civil. Yagüe encomendó desde mediados de 1946 el control de la zona de Vascongadas, la más conflictiva, al general jefe de la División 61, José Cremades.

Cremades situó en el sector de Lesaca, Echalar y Vera de Bidasoa a un regimiento, y en la zona de Irún, Arkale y Loyola a otro, siendo éstos los de Flandes y San Marcial. Cremades señalaba A Yagüe que consideraba de la mayor urgencia «el refuerzo del sector de Irún con un batallón en Arkale por su mayor importancia y facilidad de poder producirse un golpe de mano para la ocupación de dicho punto», al ser población poco afecta al régimen, mientras los destacamentos de la Guardia Civil guardaban los vados, dándoles en momentos de alarma apoyo y cobertura las unidades militares. Si los problemas de infiltración de maquis en la 6ª Región Militar estuvieron sobre todo en las montañas de Navarra, los problemas más graves de orden público y de falta de apoyo al régimen, durante el mandato de Yagüe, se concentraron, sin ninguna duda, en las provincias vascas, como luego veremos.

Las acciones de infiltración de partidas de maquis por la frontera pirenaica continuaron con diversa intensidad hasta que De Gaulle decidió terminar con el santuario que tenían los grupos paramilitares comunistas en el sur de Francia. Entre 1944 y 1951, poco antes de la muerte de Yagüe, la acciones de los maquis fueron poco a poco perdiendo fuerza hasta su práctica desaparición, que coincidió más o menos con la fecha de su fallecimiento.

Al finalizar el año 1944 la presencia de fuerzas regulares galas eran cada vez más numerosas en el Mediodía francés. La natural desmoralización producida en la mayoría de los maquis como consecuencia del fracaso de sus ataques; el evidente cansancio que las frecuentes fechorías de los exilados españoles en suelo francés producían en la población francesa de la zona fronteriza; y los propósitos del Gobierno de París de poner coto a los desmanes de tan poco agradables huéspedes, dieron lugar a que se iniciase la retirada forzosa de los exiliados españoles de la zona pirenaica. La nueva situación trajo aparejada la disminución de las incursiones de los maquis, sobre todo al desaparecer muchas de las facilidades que disfrutaban en el pasado; entre ellas la supresión de la propaganda antifranquista que descaradamente se hacía desde Radio Toulouse, prácticamente en manos del PCE y de sus afines ideológicos franco españoles.

La presencia de fuerzas de la Guardia Civil española en Andorra —hasta entonces un nido de hombres armados, espías y enlaces comunistas—, una presencia solicitada y autorizada con agrado por el Consejo de los Valles, produjo, naturalmente, una disminución sensible en las infiltraciones de maquis desde el pequeño principado pirenaico hacia el interior de España.

En el año 1945 las medidas tomadas por las autoridades francesas con vistas a impedir las incursiones de exilados hacia España fueron las siguientes: eliminación de las unidades armadas de republicanos españoles, organizadas en batallones de seguridad y atendidas económicamente por la propia intendencia francesa; delimitación de una zona de seguridad a lo largo de toda la frontera, en la que se requerían documentos especiales para transitar; desarme de los exilados; exigencia de carta de trabajo para poder residir en la zona fronteriza; amenazas de internamiento en campos de concentración a todos aquellos que violaran la ley. Estas medidas contribuyeron de forma fundamental a dificultar las incursiones de las guerrillas comunistas desde suelo francés.

A partir de diciembre de 1945 desde el Ministerio de Asuntos Exteriores español se dio la orden al embajador español en París de que exigiese al Gobierno galo que se calificase de delincuentes a los exilados antifranquistas que actuasen contra los intereses de España en Francia. Las autoridades de París prometieron tomar medidas, aunque el Gobierno francés no empleaba los mismos términos cuando hablaba de España en la ONU o en el Quai d'Orsay.

Al Gobierno de Franco le vinieron a ayudar, en estos momentos, las tensiones entre De Gaulle y Bidault y los comunistas franceses, teniendo su enfrentamiento tal magnitud que algunos alarmistas especularon sobre la posibilidad del estallido de una guerra civil en Francia. Con todo, esta situación fue determinante para la terminación de la tolerancia que habían disfrutados los exilados republicanos, especialmente los comunistas, en Francia. No obstante, a pesar de las nuevas directrices de las autoridades superiores del país vecino, sus órdenes no siempre fueron secundadas por las autoridades locales, entre las que había muchos izquierdistas.

Un paso importante en los aparentemente buenos propósitos de las autoridades francesas contra el maquis consistió en la eliminación de las agrupaciones de trabajadores forestales, formados por exilados, conocidos genéricamente por chantiers, en las que, teóricamente, se ganaban la vida, pero que en realidad eran, en la mayoría de los casos, auténticas unidades paramilitares.

La proximidad de muchos chantiers a la raya fronteriza y la seguridad de que, en no pocos casos, sus componentes guardaban oculto armamento y seguían estrechamente vinculados a sus antiguos mandos eran por sí solos motivos más que suficientes para tener ciertas reservas mentales sobre sus aparentes propósitos pacíficos. Estas prevenciones, necesariamente, se convertían en serias sospechas cuando las declaraciones de algunos prisioneros hechos a partidas aprehendidas cuando cruzaban la frontera demostraban que los «pacíficos leñadores» tenían organizadas actividades y disciplinas muy en desacuerdo, por cierto, con la vida bucólica y pacífica que aparentaban llevar. Estas actividades eran más o menos conocidas por las autoridades francesas locales, sin que, en muchos casos, realizasen nada por evitarlas.

Las unidades paramilitares comunistas estaban «acuarteladas» fundamentalmente en el sur de Francia, camufladas como empresas comerciales creadas al efecto en las zonas de Toulouse, Pau y Dordogne, en las que tenían escondidos importantes depósitos de armas. Tenían instalada una escuela de formación de mandos comunistas en técnicas militares, así como de propaganda, falsificación de documentos, fabricación de bombas, cartografía, etc. Esta escuela impartía cursos de dos meses de duración. Al principio estaba en el suroeste de Francia, para luego trasladarse a la zona de París, enviando a sus mejores alumnos a la URSS y Yugoslavia —hasta la ruptura de Stalin con Tito— para perfeccionar su entrenamiento. En Perpiñán había otra escuela similar, con un departamento en donde los futuros maquis eran provistos de documentación y de dinero.

En marzo de 1945, en Montréjeau, tenían montada una escuela de mandos comunistas, y en Molitg les Bains —un balneario a 8 km de Prades— una escuela de capacitación para la guerra de guerrillas. El 31 de marzo de 1945 atravesó la frontera, presentándose a una pareja de la Guardia Civil de Fronteras del puesto de El Portillón, un súbdito español, quien informó que los maquis tenían una escuela de sabotaje y terrorismo en Toulouse, en el Campo de Don Quijote, a unos 3 km de la ciudad. Sus mandos eran todos españoles y el jefe de la escuela era conocido como «General Luis». Organizaciones similares a ésta existieron varias, especialmente en la zona de Burdeos.

El responsable de esta enorme organización paramilitar era Líster, mientras el ex general Modesto mandaba a los guerrilleros en el interior de España. Ambos jefes comunistas estaban bajo las órdenes del Comité de Ayuda a los Demócratas, constituido por la Kominform, bajo la dirección del general soviético Alexandre Sediakin, alias Robert Roland.

Los objetivos principales para las partidas que entraban desde Francia eran los falangistas, los miembros de la Guardia Civil, de la Policía Armada y del ejército, así como la realización de atracos para nutrirse de fondos. En un informe muy secreto de la Dirección de Seguridad Nacional del Ministerio del Interior francés se decía: