Estos méritos llevaron a que unos meses después, en la Orden General del 13 de abril de 1923, la Comandancia General de Ceuta propusiera el ascenso de Yagüe a comandante.
El valor de Yagüe en combate era ya una virtud sobradamente comprobada. Cuando sólo tenía treinta años llevaba ya combatiendo en África ocho y se había convertido en un oficial africanista al cien por cien. Aunque es necesario decir que, a pesar de sus indudables y sobresalientes virtudes como soldado, no destacaba especialmente, pues tuvo la «desgracia» de ser compañero de armas de una generación de soldados sobresalientes por su valor y virtudes militares: Franco, Varela con sus dos laureadas, Muñoz Grandes, el bilaureado y desgraciadamente olvidado capitán de regulares Miguel Rodríguez Bescansa —muerto en Alhucemas—, Queipo de Llano, González Tablas, etc. En otras circunstancias, en otro ejército, el Yagüe de África habría sido un héroe nacional indiscutible, pero en la guerra de Marruecos las laureadas y las medallas militares individuales florecían cosidas en muchas guerreras de héroes indiscutibles, lo que hacía pasar desapercibidos a oficiales como el capitán de regulares que era en aquellos días Yagüe.
El 11 de junio de 1922 ascendía Yagüe a comandante por méritos de guerra, con antigüedad de 3 febrero de 1920, quedando al mando de su tabor y en expectativa de destino. Estaba a punto de cumplir treinta y un años.[47]
Unos días después de su ascenso, el 18 de junio de 1922, sostuvo su tabor un duro enfrentamiento en Bab al-Hamma y Kudia Sugna, alturas situadas en el país Ajma. En estos combates resultó herido el capitán Sáenz de Buruaga en las dos piernas, cuando mandaba una de las mías del tabor de Yagüe. Sobre la actuación de Yagüe escribió Milán Astray con su pintoresco y florido estilo, como jefe de la vanguardia, en el parte: «Este jefe, conocido en el arma de infantería por su extraordinaria bravura y por haber sido herido tres veces en distintos combates, confirmó una vez más su merecida fama. Por su conducta en este día y el arrojo, decisión e inteligencia con que manejó sus tropas, merece que se cite como muy distinguido y como el más distinguido entre todos los que tomaron parte en el combate».[48]
El 17 de febrero de 1923 fue nombrado alto comisario de España en Marruecos un civil, Luis Silvela, hijo del político conservador Francisco Silvela. Era el primer civil en diez años de acción de protectorado de España en Marruecos. Su nombramiento fue interpretado por muchos militares, en especial por los africanistas, como una evidente falta de confianza por parte del Gobierno.
El ejército español en Marruecos estaba muy mal dotado de recursos de todo tipo: armamento colectivo e individual, uniformes y calzado, alimentos, medios de transporte... Y su moral, oficialidad y tropa, salvo excepciones, era tan desastrosa como sus medios materiales. Todo esto, unido al escándalo desencadenado por el Expediente Picasso, con motivo del desastre de Annual, había acelerado en importantes sectores del ejército el profundo distanciamiento que muchos jefes y oficiales sentían respecto a la, en muchos casos, lamentable clase política española de los últimos gobiernos de Alfonso XIII. Un rencor que era alentado por el propio monarca —como se vio en el banquete celebrado en Córdoba el 7 de julio de 1922—, que podía interpretarse como una invitación a hacerse con el control del Estado por causa de la incapacidad de los partidos políticos para solucionar los problemas de España. No olvidemos que estamos en los años en que Mussolini había llegado al poder, y el fascismo se veía como la solución a muchos de los males que sufrían las naciones europeas. Eran tiempos duros para los militares. Una corrosión a la que se unía la acción de las Juntas de Defensa, que dividía y fraccionaba la unidad del ejército como consecuencia de sus actividades político-militares.
El 13 de septiembre de 1923 se producía el golpe de Estado, en Barcelona, que dio paso a la dictadura de Primo de Rivera.[49] La dictadura hizo pensar a los africanistas que España iba a deshacerse del protectorado, pues por todos los militares eran de sobra conocidas las ideas abandonistas de Primo de Rivera.
La situación en el protectorado, tras haber sido salvada in extremis después del desastre de Annual, no recobraba el pulso. Los tres millones de pesetas pagados por el rescate de los prisioneros de Annual a Abd el-Krim sirvieron para dotar de armas modernas a los rifeños. Si con Al-Raisuni la zona occidental del protectorado había sido arrasada por las correrías del señor de Tazarut, la entrada de los hombres de Abd el-Krim en la región, tras su victoria en Annual, sumió a todo el protectorado español en la guerra.
La gravedad de la situación llevó al dictador a realizar un repliegue estratégico en la zona de Yebala, lo que obligó a abandonar numerosas posiciones que se habían ganado a costa de ríos de sangre española. Entre ellas la ciudad santa de Xauén. El repliegue llevó a las posiciones que se habían de conocer como «Línea Primo de Rivera».
La fama de abandonista del dictador parecía quedar certificada con esta retirada. Para muchos jefes y oficiales africanistas la retirada a la Línea Primo de Rivera era el primer paso de lo que parecía que iba a terminar como una total renuncia de España a sus posesiones en el norte de África.
Los incidentes entre los africanistas, especialmente entre la oficialidad de la Legión y los Regulares con el dictador, rayaron en la insurrección. Sin embargo, y contra todo pronóstico, sería el abandonista dictador, con la decisiva colaboración en la dirección de las operaciones de Sanjurjo, el que terminaría poniendo fin a la guerra de Marruecos.
La llegada de la dictadura no alteró la vida cotidiana de las unidades de Regulares. Siguieron siendo empleadas, al igual que ocurría con la Legión, como carne de cañón en los combates más duros. Yagüe, con sus tropas, siguió operando en la zona occidental del protectorado, en acciones de combate que continuaron mientras permaneció al frente de su tabor.
El 6 de febrero de 1924 fue nombrado ayudante de campo del capitán general de la 6ª Región, Ricardo Burguete, aunque continuó al frente de su tabor hasta el 13 de marzo, cuando hizo entrega del mismo y salió desde Ceuta para su nuevo destino el día 15 del mismo mes. Abandonaba Marruecos justo cuando empezaba el ciclo bélico que iba a poner fin a la guerra. Seguramente el motivo de su regreso a la Península para ocupar un puesto tranquilo fuese su quebrantada salud tras muchos años de vida en campaña. El día 17 de marzo se presentó en Burgos y empezó inmediatamente a desempeñar su nuevo empleo.
Este destino era mucho más tranquilo que cualquiera de los puestos que había ocupado en Marruecos, sobre todo estando en Regulares, pero no estaba exento de cierta actividad: principalmente visitas de inspección a las guarniciones de Vascongadas y Cantabria. Acompañó varias veces a la reina María Cristina durante sus estancias en San Sebastián, como acompañó también al capitán general cuando acudía a cumplimentar, con motivo de los cumpleaños y santos, a la familia real durante la temporada de verano.
Dedicó mucho tiempo y esfuerzo al estudio de la frontera con Francia, especialmente en la montañosa zona de Navarra, participando en numerosos ejercicios logísticos y tácticos en las comarcas de su región militar contiguas a la frontera. Sus estudios llegaron hasta la zona del Ebro. Pateó con su general toda la región militar y alcanzó un conocimiento exhaustivo de la misma, el cual le sería muy útil cuando ocupara, más adelante, el puesto de capitán general de ésta.
Fue durante estos meses de vida tranquila de guarnición cuando conoció a María Eugenia Martínez del Campo y Montero Ríos, hija del ex ministro de Justicia de Alfonso XIII y presidente del Tribunal Supremo, Eduardo Martínez del Campo. También era nieta del ex presidente del Consejo de Ministros durante la regencia de María Cristina, Eugenio Montero Ríos. Empezaron un noviazgo que habría de terminar en boda.
El 1 de enero de 1925 Burguete fue nombrado capitán general de la 1ª Región Militar, y Yagüe le acompañó a Madrid como ayudante, siendo el día 16 nombrado ayudante de campo del general jefe de la 1ª Brigada de la 11ª División, Juan Menéndez.
Durante su estancia en Madrid se produjo el desembarco de Alhucemas, en el que participaron algunos de sus amigos y compañeros de armas, como Franco y Muñoz Grandes, que realizaron acciones de armas destacadísimas. Con esta gran operación militar la guerra de Marruecos quedó sentenciada, y el 10 de julio de 1927 oficialmente concluida con la victoria de las armas españolas.
La salida de Yagüe de Marruecos, en los últimos años del conflicto, lastró una vez más su carrera, pues a pesar de sus muchos méritos, valor reconocido, heridas y condecoraciones, sus ascensos estuvieron muy por debajo de los conseguidos por otros compañeros de armas africanistas. En noviembre de 1925 recibió Yagüe una carta del coronel Benito, jefe de la 2ª Media Brigada de Cazadores de Montaña, en la que comentaba los premios, ascensos y condecoraciones que no había recibido Yagüe y a los que tenía derecho a criterio de este coronel:
...nunca tuvo palabra mala [...] ni acción buena, se ha portado muy mal, lo mismo que Pepito Asensio. Ése consiguió su empleo bien por los pelos y nada hizo por los demás. Se ha dado una porción de empleos después de echados abajo por el Supremo (Orgaz, Plaza, Larín, Ortoneda, Pobil, Muñoz Grandes, y algunos más que no recuerdo ahora); pues bien, quitando Muñoz Grandes, ninguno puede presentar el expediente ni la hoja que V., ni trabajando tanto ni tan bien como V. [...] Es V. el caso de mayor injusticia que se ha cometido en África».