Así pues, el 26 de mayo de 1931, en cumplimiento del decreto de 19 del mismo mes, fue degradado a comandante, perdiendo el empleo de teniente coronel. Comenta el propio Yagüe en sus diarios, acerca de este suceso: «El 31 de mayo llegaba yo de Madrid dolorido y deshecho moralmente por una degradación que acepté subordinado, pero que en mi falta de modestia creía no merecer y que en momentos de poca ecuanimidad veía en ella más que un acto necesario la satisfacción de pasiones no muy nobles».[58]
Fruto de su cambio de graduación, cesó en el cargo de comandante militar de Alcazarquívir, como ya hemos visto, y también como responsable de la Comisión Gestora del Hospital Militar de dicha plaza, aunque se le confirmó en el mando del Grupo de Fuerzas Indígenas de Larache n° 4, que venía desempeñando como teniente coronel. El 30 de junio volvió a hacerse cargo de la Comandancia Militar de Alcazarquívir, así como del mando del sector sur del territorio de Larache, ya que al ser el oficial de mayor graduación le correspondía desempeñar el cargo por no haber otro más cualificado.
La degradación que sufrieron muchos militares no sirvió en la práctica para nada en lo militar, salvo para aumentar los recelos y odios entre la clase militar hacia la joven República. Para compensarle, el nuevo Gobierno le concedió a Yagüe una Cruz de 2ª Clase del Mérito Militar con distintivo blanco, por la anulación de su empleo de teniente coronel, magra compensación para un oficial que llevaba en el pecho más de una veintena de condecoraciones, la práctica totalidad de ellas rojas, es decir, ganadas en el campo de batalla.
La ley de Azaña para la reforma del ejército supuso que buena parte de los militares que estaban dispuestos a dar un voto de confianza a la recién nacida II República viesen en ella una enemiga que iba contra sus intereses profesionales e individuales. Y todo sin causa real, sólo por los temores que generaban los militares en los nuevos dueños del Estado español. Aunque es necesario reconocer que entre muchas de las mejores cabezas políticas e intelectuales de la España de los años treinta estas medidas no causaron temor, sino que fueron vistas de forma muy positiva. Ortega defendió con convencimiento en las Cortes, el 30 de julio de 1931, la reforma emprendida por Azaña con las siguientes palabras: «Esa reforma [del Ministerio] de Guerra, sueño hoy de todos los pueblos del mundo, sólo ha sido realizada por la República española, y se ha logrado sin rozamientos graves, con corrección por parte del ministro de la Guerra y por parte de los militares que han facilitado el logro de este magnífico proyecto».[59] Y termina su discurso pidiendo un homenaje para Azaña, pues de «un pueblo que no aplaude se puede esperar poco; pero no se puede esperar mucho tampoco de una cámara que a estas horas no ha tributado tal homenaje de aplauso a un ministro de la Guerra, al ejército que se ha ido y al que se ha quedado».
Faltaba muy poco para que el ahora tan emocionado Ortega pronunciase su famoso «No es esto, no es esto». España había abolido la guerra como instrumento de su política, pues así se estipulaba en la nueva Constitución. En España se abría una etapa en la que era más importante lo que se decía que lo que se hacía.
El odio de los republicanos de izquierdas, socialistas, anarquistas... contra los militares se evidenciaba más y más a cada momento. Así aparecieron unos panfletos contra Yagüe que eran buena prueba del ambiente antidemocrático que se vivía incluso en el protectorado contra los militares y los derechistas. La República era sólo de los republicanos, entendiendo éstos como los que la habían traído y que luego habían de formar el Frente Popular, excluyendo a los grupos de centro y centro izquierda:
Alcazarquívir tiene juanetes. ¡Si fray Azaña pudiera darse una vueltecita por Alcazarquívir! Si, por lo menos, dispusiera de persona de quien fiarse, que le informara... Porque allí, a lo que parece, no ha llegado todavía la acción de la República. El Grupo de Regulares, por ejemplo, sigue mandado por el ex teniente coronel Yagüe, hoy comandante, monárquico tan fervoroso que el 14 de abril se ofreció para venir a la Península, con su grupo, a defender a Alfonso. Monárquica es también la oficialidad, al extremo de que quienes en ella se han manifestado republicanos tuvieron que apartarse del grupo, y alguien como el capitán Pineda, incluso pasar a disponible. ¿Por qué fray Azaña no realiza un viaje de inspección por toda la zona? Serviría a la República y a España. En Alcazarquívir, de seguro, le harían una recepción en el Casino Militar, que llaman «Peña Juanista», y cuando el ministro preguntase el porqué de tal nombre, le dirían: «Como Yagüe se llama Juan»... Fray Lazo del 7 de octubre de 1931.