Esta petición Hedilla la impugnó y no la trasladó a Franco aunque hizo llegar este espíritu de forma muchísimo más suave al Caudillo.
En abril, desde el Cuartel General de Franco, se alentaba por un lado a Hedilla a consolidar su poder, mientras que por otro se impulsaba a los legitimistas a derrocarlo. El 11 de abril Franco ya tenía tomada su decisión de unir todos los grupos políticos que le apoyaban en un partido único bajo su mando directo. La Falange iba a quedar absorbida por ese partido único que iba a nacer.
Las tensiones entre las distintas familias azules estallaron en enfrentamientos armados entre los partidarios de Hedilla y el triunvirato formado por Aznar, Dávila y Moreno, con Garcerán como secretario. Ambos grupos informaron a Franco de que se habían hecho cargo de la dirección de la Falange. Un enfrentamiento inoportuno, que no fue provocado por Franco, pero que sin lugar a dudas le reafirmó en su idea de unir bajo su único mando a todos los partidos de su zona.
El 16 comenzaron los enfrentamientos. Hedilla, con el apoyo de los cadetes de la academia de mandos falangistas de Pedro Llen, intentó arrestar a sus opositores. En la madrugada del 17, cuando los hombres de Hedilla asaltaban las oficinas de Dávila y sus partidarios, uno de los escoltas de éste disparó, matando a José María Alonso Goya, escolta personal de Hedilla. En este enfrentamiento también murió por causa de sus heridas Manuel Peral, autor de los disparos contra Alonso Goya. Dávila fue detenido y al intentar detener a Garcerán se produjo un fuerte tiroteo que obligó a las autoridades militares a intervenir.
El 17 de abril Hedilla fue nombrado jefe nacional mientras el cadáver de Goya yacía embalsamado en una habitación próxima. Hedilla nombró varios consejeros nacionales: Pilar Primo de Rivera, Yagüe, Eduardo Ezquer, etc., el día 18 de ese mes.[356] El nombramiento de Yagüe, sin lugar a dudas, venía dado tanto por su clara simpatía hacia Hedilla como por su creciente fama entre los combatientes.
Ese mismo día, a las nueve y media de la noche, se presentó Hedilla en el Cuartel General del Generalísimo, donde fue recibido con cordialidad. Mientras Hedilla esperaba, Franco anunciaba por radio a sus partidarios la unificación en un partido único, inspirado en los valores de los Reyes Católicos, de todas las fuerzas políticas de España. Nacía el Movimiento Nacional, en torno a la Falange Española Tradicionalista y de las JONS. En todo el territorio dominado por los nacionales no hubo resistencia.
El 19 de abril, a las nueve de la mañana, se hizo público el Decreto de Unificación. La unificación significaba la victoria de Franco como figura preeminente y única del bando nacional, y con él de la derecha autoritaria fascistizada. Como señala Payne, «fue una medida absolutamente lógica [...] en una guerra civil revolucionaria incondicional».
Hedilla había convocado un Consejo Nacional para el 18 de abril, en el que salió elegido nuevo jefe nacional, pero lo sería sólo por un día, dado que el Decreto de Unificación, publicado al día siguiente, nombraba a Hedilla miembro, el primero de los designados, de la Junta Política. Pilar Primo de Rivera, Aznar, Girón, Ridruejo, González Vicén y otros le instaron a que se opusiera a los designios unificadores de Franco no aceptando el cargo. Yagüe le enviará un telegrama con el siguiente texto: «Ahora más que nunca, a tus órdenes».[357] Hedilla no aceptó el cargo.
El 25 de abril Hedilla fue detenido bajo la acusación de incitación al desorden y a la rebelión. Se produjeron en total 1.521 detenciones, mayoritariamente de falangistas, de los que 288 fueron condenados a penas de cárcel, entre ellos 49 a cadena perpetua. Con el paso del tiempo fueron amnistiados. Hedilla y Daniel López Puerta fueron condenados a muerte, aunque sus sentencias fueron conmutadas por penas de cárcel.