Siguiendo su plan, sin amilanarse, procedió a la fundación de diversas y fundamentales infraestructuras que sentaron las bases del futuro crecimiento y desarrollo del arma aérea en la España de Franco y hasta la actualidad. Fundó la Escuela de Ingenieros Aeronáuticos, al tiempo que creaba el Cuerpo de Ingenieros Aeronáuticos, la Academia General del Arma Aérea, de Tropas y de Ingenieros Aeronáuticos Militares, las Escuelas Superiores del Aire, de Aerotécnica, de Vuelo y de Vuelo sin Visibilidad, de Observadores, de Pilotos de Caza, de Pilomotores, de Especialistas Experimentales, de Aprendices y de Tecnología Industrial. Creó la escala de complemento para oficiales y suboficiales del Aire. Fundó el Cuerpo de Sanidad y el Cuerpo de Farmacia del Ejército del Aire.

Para poder organizar territorialmente el espacio aéreo militar Yagüe solventó la dificultad de contar sólo con un general, y en situación de reserva, y con cuatro coroneles, creando como jurisdicción única la Central Aérea, por ley de 1 de septiembre, de la que se encargó el general Lombarte, subordinando las regiones (cinco y tres fuerzas aéreas) a tres inspecciones generales.

Esta estructuración inicial entrañaba una notable diferencia con la que había servido para la guerra. Las regiones aéreas, entonces simples organizaciones logísticas, pasaban a ser el centro de mando y conducción; se disolvían las brigadas y las fuerzas aéreas pasaban a depender directamente de los jefes de las regiones en que quedaron situadas. La distinción entre elementos móviles, las unidades y los fijos, administrativos y de infraestructura, desaparecieron.

Uno de sus principales problemas fue organizar, o mejor reorganizar, las nuevas plantillas del Ejército del Aire: «Al terminar la campaña [la Guerra Civil], únicamente existía un general en el servicio aeronáutico, y ello no porque los demás aviadores no fueran acreedores a esa dignidad. Haya y García Morato, por ejemplo, cayeron con las divisas de capitán y comandante, cuando muy bien pudieron haber ostentado, en razón a sus méritos y cualidades, el más alto rango militar aeronáutico».[491] Para cubrir sus necesidades inmediatas ordenó que se convocaran cinco plazas de coronel, nueve de teniente coronel, cuarenta de comandante, cien de capitán y trescientas de teniente, a ocupar por oficiales provisionales o de complemento, con preferencia para los que habían servido en la aviación durante la guerra, aunque podían optar todos los militares. Yagüe dijo durante la Pascua Militar de 1940: «...siento la necesidad de tener rápidamente unos cuantos miles de oficiales profesionales para el Ejército del Aire. Tengo el convencimiento y la seguridad de que el día que todos estos oficiales estén perfectamente educados y con la moral elevadísima, propia de nuestra raza, España empezará a pesar en el concierto de las naciones».[492] Fueron muchos los jefes y oficiales prestigiosos que acudieron al llamamiento, pero parte de ellos volverían a sus armas y cuerpos de procedencia al comprobar que la idea de Yagüe de crear un Ejército del Aire auténtico no era compartida, en general, por los aviadores de la guerra, que cerraron filas frente a los nuevos, en muchos casos de mayor graduación, porque su llegada podía suponer una traba para sus carreras profesionales.

El 10 de febrero 1940 se designaban los jefes y oficiales que iban a constituir las escalas de aire y tierra del Arma de Aviación, haciéndose cargo, como ya hemos indicado, de la Jurisdicción Central Aérea el general Lombarte. En el BOE n° 46, de 15 de febrero de 1940, fueron nombrados los primeros coroneles de la Escala del Aire: con el número 1, Joaquín González Gallarza; con el 2, Apolinar Sáenz de Buruaga; con el 3, José Luis Ureta Zabala; y con el 4, Alfonso de Orleáns y Borbón. Ingresaron en la Escala de Aire en total 162 nuevos oficiales. En la Escala de Tierra ocupó el puesto número 1 el coronel Manuel O'Felán Correoso; y el 2, el teniente coronel Manuel Loma Arce. Ingresaron en total 87 oficiales: «Creadas las tropas de Aviación, y para organizar las cinco legiones, con sus cabeceras en Madrid, Sevilla, Valencia, Zaragoza y Valladolid, y las cuatro banderas independientes con sus cabeceras en Madrid, Palma de Mallorca, Tetuán y Las Palmas, se abre un concurso para cubrir 5 vacantes de coronel, 9 de teniente coronel, 40 de comandante, 100 de capitán».[493]

Con estos y otros nombramientos Yagüe propició el futuro ascenso al generalato del infante Alfonso de Orleáns y Borbón, de los hermanos Eduardo y Joaquín González Gallarza, de Apolinar Sáenz de Buruaga, de José María Aymat Marcea, de Luis Moreno Abella, etcétera.

Yagüe se lanzó a una ingente labor de captación de recursos humanos y de formación de los mismos para poder dotar al Ejército del Aire de personal cualificado, del que estaba tan necesitado como de material. De su mano nacieron, entre otras, las escuelas de pilotos de El Copero, Badajoz y Jerez, que constituyeron el Grupo de Escuelas del Sur, a las que se unió el nuevo Grupo de Escuelas de Levante, con escuelas elementales en Alcantarilla y El Palmar, y de trasformación en San Javier. Mandaban el Grupo Sur el comandante Luis Pardo Prieto y el de Levante Luis Bengoechea Bahamonde.

Afecta al Grupo de Levante se creó la Escuela Premilitar Aérea de San Javier, que más tarde, en 1943, cambió su nombre por el de Escuela Inicial Aérea. También, y por decreto de 15 de diciembre de 1939, fundó la Academia de Ingenieros Aeronáuticos.

La ideología falangista de Yagüe, y su admiración por el modelo de organización alemán en materia aérea, quedó reflejada en algunas de las medidas que tomó durante su etapa de ministro del Aire. Su hiperactividad le llevó a fundar la organización de Flechas y Cadetes del Aire para incentivar entre los jóvenes españoles el amor por la aviación y facilitar sus primeros contactos con el vuelo a través de los aeroclubs de vuelo sin motor, fundando una gran escuela juvenil de vuelo en Málaga. Nacía así una organización copiada de la existente en Alemania, en la que colaboraban estrechamente la Luftwaffe y las Hitler Jugend. En el BOE n° 351 se decía: