Este tipo de cosas atizaban la falta de confianza de Franco en su ministro y antiguo compañero de promoción. Una desconfianza que era alentada por Varela y, seguramente, por Serrano, entre otros ministros. Yagüe no se doblegaba a los intentos de control de Serrano en el Consejo de Ministros y sobre las distintas familias falangistas, ni a las maniobras de Varela en el seno del ejército.
La realidad es que Yagüe intrigaba. Señala López Novelles que a comienzos de 1940 se produjeron diversas reuniones de la Junta Política clandestina de Falange, a cuyo frente estaba el coronel Emilio Rodríguez Tarduchy, que contaba con el apoyo del general Yagüe y de José Antonio.
Girón de Velasco: «Los propósitos de algunos de los miembros de este grupo iban incluso hasta realizar un golpe de Estado, mientras que en los casos de Yagüe y Girón su intención era la de desplazar a Serrano Súñer de la dirección efectiva de todos aquellos asuntos políticos relacionados con la Falange y, por supuesto, depurar de la organización a su influyente grupo de protegidos. Esta Junta se disolverá en poco tiempo ante las profundas diferencias de objetivos de sus miembros. Más adelante volverá a reaparecer con propósitos más radicalizados aún».[499]
En unos momentos en que muchos de los generales victoriosos en la Guerra Civil, y algunas de las figuras más destacadas del bando franquista, conspiraban contra el Caudillo, éste no quería tener en su grupo de colaboradores más próximo hombres en los que no tuviese plena confianza. A esta situación incómoda que se respiraba en el Consejo de Ministros vino a añadir leña el enfrentamiento de Yagüe con el embajador inglés. Cuenta Pedro Sainz Rodríguez, en su libro Un reinado en la sombra, en relación al cese de Yagüe y su discusión con Samuel Hoare:
En junio de 1940, siendo ministro del Aire, mantuvo, en el curso de una recepción, un violento diálogo con el embajador inglés, sir Samuel Hoare, sobre el desarrollo de la guerra mundial. Algo debió de decir el diplomático inglés que fue considerado ofensivo por el general español, puesto que le replicó afirmando que los ingleses podían darse por derrotados y que les estaría bien merecida la derrota. El embajador elevó una queja formal al Gobierno de Franco. Este y otros incidentes, a los que Yagüe no había concedido importancia, determinaron no sólo el cese del general como titular del Ministerio del Aire, sino también su alejamiento de la vida política, invitándosele a pasar unas «vacaciones» de veintinueve meses en su pueblo natal de San Leonardo de Yagüe.