Desde su nuevo destino en Pamplona, Mola se iba a hacer cargo de la dirección del golpe y, más específicamente, de la organización y planificación de los conspiradores en la Península bajo el nombre de «el Director». Empezaba así la organización del movimiento militar que desencadenaría el golpe de Estado del 18 de julio de 1936.
Antes de regresar a España Mola designó a Yagüe como su enlace con el ejército de África, dado su compromiso antirrepublicano y su probado valor en la lucha contra la revolución, su prestigio y el carisma entre sus compañeros, y su fidelidad probada, hasta la llegada de un prestigioso general —Franco— que se hiciese cargo del mando una vez comenzada la sublevación.
La primera junta organizada en Marruecos por Yagüe para el alzamiento estaba integrada por su ayudante, el capitán José García y García, junto a una larga lista de oficiales, la mayoría de ellos tenientes y capitanes de las unidades de choque destinadas en el protectorado. En Ceuta eran los capitanes de la Legión José Merino Mantilla de los Ríos, Aranda Mata, García y García, y Menéndez Pérez, además del capitán de Regulares y jefe de Falange en Marruecos Ramos Rubio. También estaban el capitán de Artillería Troske, el teniente de Ingenieros Correa, el capitán de Infantería Mateo, el teniente de Navío Imeldo Seris, el teniente de Infantería Gabarrón, y el teniente de la Guardia Civil Del Real. En Tetuán estaban el capitán de Regulares De la Lombana; en Larache, el teniente de Ingenieros Prados; en Melilla, el teniente coronel Juan Seguí como responsable, junto al comandante retirado de Caballería Sánchez, y los tenientes de la Legión Mateos y De la Torre. A este grupo inicial se fueron sumando otros como los tenientes coroneles Gautier, Tejero, Martínez Simancas y Reigada, destinados en Ceuta; el coronel Eduardo Sáenz de Buruaga y los tenientes coroneles Beigbeder, Asensio, Peris, Yuste, Barrón, Delgado Serrano y Villalba de Tetuán. Destinados en Melilla se sumaron el coronel Soláns y los tenientes coroneles Peñuelas, Gazapo, Aymat, Bartomeu y Rolando Tella, que siguieron a Seguí (quien se convirtió en pieza clave del alzamiento en la zona). Con destino en pleno Rif se sumó el coronel Sánchez González, además del coronel Múgica, de Larache, y el teniente coronel Losas, de Alcazarquívir.
A comienzos de mayo aún no se sabía si las tropas africanas se sumarían en bloque al alzamiento, a pesar de las promesas de Yagüe a Mola antes de su regreso a la Península: «Mediado el mes de mayo, el teniente coronel Yagüe, en nombre de la Legión y de otros militares, envió un enlace militar a Mola para expresarle la conformidad de aquellas oficialidades. Con todo, los mandos superiores en el protectorado eran republicanos, y otro tanto sucedía con notable parte de la oficialidad de distintas armas y cuerpos».[135] El encargo no era fácil. Las más altas autoridades del protectorado, civiles y militares, estaban con el Gobierno, mientras que entre las tropas africanas, sobre todo Legión y Regulares —el grupo más radicalizado— no todos eran seguidores de los planes insurreccionales:
Yo sé en qué lugar de nuestro propio campamento se fragua un plan contra nuestras vidas, dónde existen supuestas cajas de municiones que no contienen otra metralla que los folletos de propaganda comunista, y casi de memoria podría repetir nombre por nombre la lista de cabos, sargentos, suboficiales y, para vergüenza de la Legión, el nombre de algunos capitanes que sólo aguardan un signo para convertirse en la jefatura del ejército rojo y, por descontado, en nuestros verdugos.