La operación costó cien muertos entre las tropas y doble entre los harkeños, sin contar heridos y desaparecidos. En este combate resultó herido el capitán Francisco Franco, y entre los kabileños su jefe, Ben Said, apodado por los españoles «El Vinagre». Estos combates permitieron ocupar toda la región, los poblados de Biut, Ain XIXa, AinYir y las aldeas costeras. Los de Anyera se rindieron a la autoridad del jalifa.
Al regreso de la columna al campamento de partida, Yagüe fue felicitado por el jefe de la columna, el general Martínez Anido, que propuso su ascenso a capitán. En la Orden del Cuerpo del día 4 de julio de 1916 fue citado como distinguido por los combates del día 29 de junio anterior.
El 12 de noviembre de 1916 se hizo cargo del mando de la 1ª compañía del 2° Tabor. Por Real Orden de 30 de diciembre ascendió a capitán, en recompensa por los méritos contraídos en los combates entre el 1 de mayo de 1915 y el 30 de junio de 1916. Tenía veinticinco años. Por Real Orden de 2 de enero de 1917 fue destinado al batallón de Cazadores de Reus n° 16 y, sin llegar a incorporarse, fue inmediatamente destinado, el día 12 del mismo mes, al recién creado Grupo de Fuerzas Regulares Indígenas de Tetuán n° 1, pudiendo así continuar las operaciones con sus regulares, ahora de la zona de Tetuán.[35] Su carrera iba relativamente lenta si la comparamos con la de otros africanistas: Franco, su compañero de promoción, a los veintitrés años ya era comandante; Mola a los veintisiete. No fue declarado apto para ascender hasta el 30 de junio de 1918.[36] Unos meses antes, en el verano de 1917, obtuvo la Medalla de Marruecos con el pasador de Tetuán. También fue felicitado, en mayo de 1918, por el infante Carlos de Borbón por el brillante estado e instrucción de su grupo con motivo de la revista que pasó al mismo.
Durante estos años de campaña, de vida en los acuartelamientos y en los vivac de los campos de batalla marroquíes, continuación de los pasados en la academia toledana, es cuando se fraguaron los lazos de amistad y camaradería entre los jóvenes oficiales africanistas que tanta importancia tendrán en tiempos de la República y la Guerra Civil. Yagüe se hace amigo de Mola, del frío Franco, de Muñoz Grandes, de los hermanos Eduardo y Apolinar Sáenz de Buruaga, de Beorlegui, etc. Es en estos años cuando la unión entre los jóvenes oficiales africanistas se vio reforzada por sus enfrentamientos con las Juntas de Defensa, con los compañeros de armas que vivían apoltronados en sus tranquilas vidas de guarnición en la metrópoli. Sus valores castrenses, fraguados en el campo de batalla, les enfrentaban con las recién nacidas Juntas de Defensa opuestas a los ascensos por méritos de guerra. Al estricto sentido militar de los africanistas se oponían las actuaciones políticas de los junteros, de los que dijo Madariaga: «Los oficiales del ejército se hicieron con el arma que esgrimían los obreros sindicales y volvieron contra el Estado aquella misma fuerza que el Estado les había confiado».
En la primavera de 1919 las autoridades españolas decidieron limpiar de insurgentes y bandoleros la zona de Tetuán, por lo que el 25 de marzo de 1919 el 2° Tabor de Tetuán, al que pertenecía Yagüe, recibió la orden de salir hacia el poblado de Kudia de Beni Salah, para reforzar al 1° Tabor, que sostenía un duro combate con una harka enemiga. Los hombres del comandante Ayuso relevaron a sus compañeros de grupo, tomando posiciones al norte y al sur del poblado con el objetivo de ocuparlo, cosa que hicieron, manteniendo un intenso fuego con fuerzas enemigas muy numerosas. Durante este combate resultó herido Yagüe de un disparo en el brazo derecho, de pronóstico leve. Ingresó ese mismo día en el Hospital Militar de Tetuán. Por su comportamiento fue citado en el parte de este día como distinguido.
Permaneció en el Hospital Militar de Tetuán hasta el 5 de abril, cuando se le dio de alta a pesar de no estar totalmente recuperado.[37] A la una de la tarde del mismo día salió con su tabor, mandado por el comandante Ayuso Sotomayor, rumbo a Beni Salah, entrando inmediatamente en combate y participando en las operaciones sobre Yebel Yemala, Beni Salah, Ben Karrich, Zadina, Bení Ambrán, Fuentedeagua, Kudia Yreh, Zinac, SidiYahak, Randa, Sidi Alí, Yahal y Mingrella. El mando hizo constar el brillante comportamiento de Yagüe en estos combates. Su valor y eficacia al frente de sus tropas ya le empezaban a dar una sólida fama de valiente, eficiente y de gran táctico. Durante 1919 fue citado seis veces como distinguido.
En otoño de ese año se hizo cargo de la Alta Comisaría el general Dámaso Berenguer, que movilizó un ejército de veinte mil hombres. Quería pacificar el territorio occidental del protectorado y concluir con la rebelión de Al-Raisuni de una vez para siempre, ya que éste había cortado las comunicaciones entre Tetuán y Ceuta, y Larache y Tánger. Su primer objetivo era ocupar Al-Fondak de Ain Yedida[38] (Posada de la Fuente Nueva), situada a treinta y cinco kilómetros de Tetuán, desde la que Al-Raisuni controlaba el paso a un desfiladero de más de diez kilómetros de largo. Este enorme cañón estaba protegido por dos impresionantes montes y su entrada por la cumbre de Sidi Anad, también llamada por los españoles «Cónico», por la forma de su base. Ya en la guerra de 1858 Prim necesitó cinco asaltos a la bayoneta, durante la batalla de Wad-Ras (nombre de la kabila que en el pasado servía de guarida a Al-Raisuni) para controlar esta posición ahora sometida a la harka de cinco mil guerreros que tenía en armas el señor de Yebala.[39] De estos hombres, dos mil estaban apostados en la zona de Al-Fondak de AinYedida.
En estos combates Yagüe recibió la orden de ir a Beni Salem, donde una mía de Regulares había asesinado a su capitán y a otros nueve españoles, puesto sitio al blocao de Malalién, derribado los postes de telégrafo y amenazado el ferrocarril Tetuán-Ceuta a escasos siete kilómetros de la sede de la Alta Comisaría.
El tabor de Yagüe llegó a Malalién, apresó a los sublevados e impuso de forma inmediata la justicia sumaria militar, como exigía la situación.
Pocos días después, el 27 de septiembre, se unió a la columna del coronel Sanjurjo, dentro del ejército de doce mil hombres que operaba en la Yebala, bajo el mando de los generales Vallejo y Fernández Silvestre:
... Al amanecer el despliegue de todas las fuerzas repartidas a la entrada del valle que conduce al paso, no tardó en sentirse el eco de un gran cañonazo con el que el cuartel general ordenaba a su artillería disparar las piezas de máximo alcance, momento que aprovecharon los centinelas árabes para agitar sus blancas señales y poner en guardia a la kabila contra el desencadenamiento del temido ataque. Pero al instante los cañones bombardearon las cimas enemigas, y a las siete comenzó el asalto, que resultó el más brioso y espectacular de cuantos se dieron en tal escenario, pues el ejército español, reforzado con indígenas leales, atacó las posiciones rebeldes, trepando impávidamente la caballería y los regulares y batallones de infantes. Y mientras unos progresaban sobre el monte Cónico y conseguían dominar la resistencia desesperada de los islámicos, por el ala derecha del desfiladero en que arranca la base de los Harchas, las tropas de Sanjurjo escalaban su cima, entablando en laderas y cerros sangrientas luchas contra los moros, que se defendían a vida o muerte.