La interpretación de la designación de Yagüe para formar parte del Gobierno tuvo diferentes lecturas. Está claro que el Caudillo no iba a nombrar ministro del. Aire a Kindelán, el candidato más lógico tanto por sus conocimientos como por el mando que había desempeñado durante la guerra como por su impecable trayectoria militar, pero era un monárquico juanista declarado, partidario de la inmediata restauración de los Borbones, lo que le inhabilitaba para el puesto. El nombramiento de Yagüe no sentó bien a Kindelán, que había sido jefe de la aviación nacional durante toda la guerra, con la que había logrado innumerable éxitos.[486] Yagüe era un buen sustituto. Había tenido una exitosa experiencia en el manejo de los medios terrestres motorizados y acorazados, en combinación con la aviación durante los combates de Quinto y Alfambra, en la batalla del Ebro. Había sido el primero de todos los generales del ejército franquista que había comprendido lo fundamental de la colaboración entre los medios motorizados terrestres y la aviación en la guerra futura, como había demostrado en su aplicación de la blitzkrieg. Si las fuerzas armadas españolas tenían que tener una fuerza aérea moderna y adaptada a la nueva guerra, ¿no podía ser Yagüe el jefe más adecuado para su creación? Además tenía fama, con razón, de ser un gran organizador. Sin embargo, «fueron varios los que creyeron que con Yagüe aplicaba Franco su vieja táctica de confiarle una misión determinada con la seguridad de que fracasaría. Los pilotos que hicieron la guerra fueron los primeros en criticar al ministro, pues le acusaban de imponer criterios de oficial de infantería donde debía imperar un conocimiento amplio que sólo se logra por el paso por una escuela de aviación y con el manejo de los aviones».[487]
Franco repartía las carteras de su nuevo Gobierno entre las distintas facciones del régimen con la certeza de salir vencedor gracias, precisamente, a sus muchas diferencias. En el primer Gobierno de Franco entró un grupo heterogéneo de hombres que representaban, en cierta forma, los sectores y grupos más importantes del bando vencedor de la Guerra Civil.
El 1 de agosto de 1939 Yagüe se encontraba en Burgos, todavía al mando de la Legión y del Cuerpo de Ejército Marroquí. El 9 de agosto Franco le nombró ministro del Aire, formando parte del segundo Gobierno de Franco, el primero una vez terminada la guerra. Lo formaban: Serrano Súñer en Gobernación; Juan Beigbeder en Asuntos Exteriores; el general Varela como ministro del Ejército; el almirante Moreno como ministro de Marina; el general Yagüe como ministro del Aire; José Ibáñez Martín en Educación; Alfonso Peña Boeuf en Obras Públicas; Luis Alarcón de Lastra en Industria y Comercio; Joaquín Benjumea en Agricultura; José Larraz en Hacienda; Esteban Bilbao como ministro de Justicia; el general Agustín Muñoz Grandes en la Secretaría General de FET y de las JONS; Rafael Sánchez Mazas, ministro sin cartera; Pedro Gamero del Castillo, ministro sin cartera.
En el nuevo Gobierno, falangistas y militares llevaban el mayor peso. La Falange, al terminar la guerra, gozaba de mucho prestigio entre los vencedores, siendo muchos los españoles que solicitaban su afiliación al partido único FET y de las JONS, que era tanto como decir Falange, a pesar de que muchos de ellos no lo hacían con la lógica sinceridad política. En aquellos tiempos tener una carné de afiliación al Movimiento era una credencial muy conveniente para lograr algún cargo en la nueva España totalitaria.
El día 11 se trasladó Yagüe a Burgos, tomando posesión el 12 del Ministerio del Aire, que recibió de mano del general Alfredo Kindelán. Quedaba así formalmente constituido el nuevo ministerio.
El 18 de agosto se trasladó en avión de Burgos a Madrid, aterrizando en el aeropuerto de Barajas. Inmediatamente procedió a darle posesión de su cargo el subsecretario y jefe del Estado Mayor del Ministerio, el general Fernando Barrón Ortiz, y el teniente coronel Eduardo González Gallarza respectivamente, regresando nada más terminado el acto por vía aérea a Burgos.
El día 31 de agosto cesó en el mando del Cuerpo de Ejército Marroquí por haber sido disuelto por Orden Circular del día 24, pero permaneció al frente de la Legión hasta el 23 de diciembre, cuando dejó formalmente el cargo. En su discurso de despedida habló de los méritos de Franco y ensalzó el papel de la Legión el 18 de julio: «Ahora ha decretado que una doctrina justa y humana, que protege a los que trabajan y consuele a los que sufren, y un partido que él organizará; como organizó el ejército, serán los instrumentos de que se valdrá para ganar la paz».[488] No será hasta el 4 de enero 1940 cuando reciba el escrito del ministro del Ejército en el que le manifiesta que «recaído el mando con el carácter de inspector de la Legión en el Excmo. Señor General Jefe Superior de las Fuerzas Militares de Marruecos, cesa de ejercerlo, y en este momento, al recordar su labor desarrollada durante tan largo tiempo al frente de esas magníficas tropas, se complace en ofrecerle el tributo de gratitud a que se ha hecho acreedor». Finalizaba, así, formalmente, su mando sobre la Legión, que se había prolongado a lo largo de cuatro años, durante toda la Guerra Civil, una etapa en la que los legionarios habían cosechado una cantidad ingente de condecoraciones, citaciones y victorias militares en todos los campos de batalla de España. Con su cese, la historia de la Legión española cerraba uno de sus capítulos más gloriosos.
Yagüe se hizo cargo de su cartera ministerial con el claro objetivo de convertir la aviación militar española en una moderna arma preparada para la guerra del futuro. Tenía la misión de transformar a los pilotos y aviones que habían combatido en la recién concluida Guerra Civil en una organización militar moderna y efectiva, organizada según los parámetros de los mejores ejércitos de aire de su época —fundamentalmente siguiendo el ejemplo de la Luftwaffe alemana— y dentro de las nuevas estructuras militares que se proponía crear la España de Franco con los ojos puestos en la inminente guerra mundial.
El nuevo ministro del Aire no empezaba de cero, pero casi. El 8 de septiembre de 1939 el nuevo ministro de Marina presentó al Caudillo un programa de expansión naval a gran escala que debería realizarse en diez años, aunque tuvo que ser reducido drásticamente de forma casi inmediata. El nuevo ministro del Aire no quiso ser menos y también presentó su propio plan decenal que preveía la adquisición de casi cuatro mil aviones de combate en la década siguiente. Sin embargo, ninguno de los dos proyectos salió adelante. El plan de Yagüe tuvo que ser reducido severamente a la adquisición de unos pocos aparatos nuevos y continuar a duras penas el mantenimiento y sustitución del material de los ya existentes. Las exiguas arcas de la Hacienda española no estaban para gastar sus escasos recursos en armamento, sobre todo si tenemos en cuenta las enormes necesidades de todo tipo que, sufría el pueblo español tras tres largos años de guerra. Un gobierno presidido por un soldado, con una guerra europea recién iniciada, optó por medidas encaminadas a mejorar la situación del país sin dejarse arrastrar por un militarismo imposible.
La aviación militar española tenía que crear nuevas estructuras si quería cumplir con las misiones a que le obligaban los nuevos tiempos. Yagüe, impulsivo pero un organizador nato, a pesar de carecer de experiencia en su nuevo puesto, iba a ser el responsable de crear los sólidos pilares de la fuerza aérea española. El 7 de octubre de 1939 una nueva ley nacida de la mano del nuevo ministro fijaba las normas para la organización y funcionamiento de la aviación, siendo publicadas en el BOE n° 292, de 19 de octubre de 1939. Decía la nueva ley rubricada por Franco:
Ninguna disposición ha consolidado hasta ahora con la fuerza legal que corresponde a su importancia la existencia del Ejército del Aire. Es preciso, además, definirlo; determinar quién ejerce su mando supremo, cuáles son las armas, cuerpos y servicios que lo integran, y aquellos otros elementos básicos de su estructura en los que fundamentar luego las disposiciones precisas para su eficaz organización y funcionamiento. A ellos atiende la presente ley.
En su virtud DISPONGO:
Artículo primero. Se crea el Ejército del Aire compuesto de mandos, tropa, elementos y servicios regidos por leyes y disposiciones especiales y otras comunes a él y a los Ejércitos de Tierra y Mar, con los que ha de cooperar a la defensa e integridad de la patria, al logro de los ideales nacionales y a mantener el imperio de las leyes.
Artículo segundo. El mando en paz y en guerra del Ejército del Aire corresponde al Generalísimo de los Ejércitos de Tierra, Mar y Aire. Facultad suya es la concesión de ascensos y recompensas. Aquel mando será ejercido en tiempo de paz, por su delegación, por el ministro del Aire.
Artículo tercero. El Ejército del Aire estará formado por el Estado Mayor General y las armas, cuerpos y servicios siguientes:
Las armas de Aviación y de tropas de Aviación.
El Cuerpo de Ingenieros Aeronáuticos.
Los servicios de Ingenieros, Intendencia, Sanidad, Jurídico, Eclesiástico e Intervención.
Los cuerpos auxiliares de Especialistas y Oficinas.
Cuando la ampliación e importancia de los servicios lo aconseje, podrá decretarse, en cada caso, la constitución de los cuerpos que lo atiendan y ejecuten.
Con esta ley, que se veía complementada por la de 9 de noviembre, se creaba el Arma de Aviación:
DISPONGO:
Artículo primero. Se crea el arma de Aviación, a la que corresponde, entre otros cometidos del Ejército del Aire, el fundamental de desarrollar todo su poder ofensivo mediante sus unidades aéreas y los propios de los organismos y servicios que requiera la organización, mando, instrucción, y empleo de las citadas unidades y cuando directamente les afecte y contribuya a su perfeccionamiento y eficacia.
Artículo segundo. El Arma de Aviación se compondrá de:
a) La Armada Aérea.
b) La Aviación de Cooperación con el Ejército de Tierra.
c) La Aviación de Cooperación con la Marina.
La primera estará integrada por el conjunto de fuerzas que constituyen la aviación de empleo estratégico, a las órdenes inmediatas del Mando Aéreo.
La Aviación de Cooperación con el Ejército de Tierra se constituirá con las unidades que actúen en beneficio inmediato de aquél, cuyo mando determinará los momentos y planes de su actuación.
Por último, la Aviación de Cooperación con la Marina la formarán las unidades que actúen en beneficio de la flota, en condiciones análogas a las que se fijan para el Ejército de Tierra.
Los observadores de ambas aviaciones de cooperación serán, precisamente, jefes y oficiales de los Ejércitos de Tierra y Mar.
Artículo tercero. Las unidades del Arma de Aviación, serán:
La escuadrilla, unidad táctica elemental, inferior en el orden administrativo, constituida por un número de aviones del mismo tipo.
El grupo, unidad táctica resultante de la reunión de dos o más escuadrillas, y como éstas con aviones de un solo tipo.
Las unidades superiores son: la brigada, la división, el cuerpo de ejército y el ejército, integrada cada una por dos unidades de las de orden inmediatamente inferior.
Artículo cuarto. Según su aplicación en la guerra, las unidades tácticas aéreas se clasifican en:
Unidades de bombardeo dotadas de material de vuelo adecuado para acciones ofensivas de destrucción sobre objetivos enemigos, terrestres o marítimos.
De caza, que ejercerán acción ofensiva de combate y persecución sobre objetivos tácticos de cualquier clase, mediante ataques en vuelo picado o rasante, con bombas, fuego de ametralladora o cañón.
De misiones especiales que abarcan, entre otras, las de torpedeo, bombardeo en picado, transporte, etc.
Artículo quinto. El personal del Arma de Aviación se agrupará en dos escalas: la del Aire y la de Tierra.
A la primera pertenecerán cuantos tengan las aptitudes técnicas y físicas que requiere la organización del Arma de Aviación en sus cometidos principales.
En la Escala de Tierra formarán los que, con aptitudes aún suficientes, no las mantengan en extensión y energía en el grado que aquellas funciones principales requieren.
En ambas escalas el personal de oficiales y suboficiales podrá ser profesional o de complemento.