A finales de octubre de 1941 Franco le autoriza a dejar San Leonardo para pasar a estar confinado en Burgos. Sigue estando disponible, pero sin lugar a dudas las condiciones de vida de Yagüe mejoran al trasladarse a la capital burgalesa. En esta ciudad permanecerá un año justo, desde el 3 de octubre de 1941 hasta el 20 de octubre de 1942.
Franco, siguiendo su costumbre de dar una de cal y otra de arena, durante esta etapa, le concede, por decreto de 13 de abril de 1942, y de conformidad con la propuesta de la Asamblea de la Real y Militar Orden de San Hermenegildo, la Gran Cruz de la referida orden.
Su castigo no le impide seguir manteniendo contactos con muchas y relevantes personalidades de la política, la milicia y la diplomacia extranjeras. Antes de partir para Rusia, Muñoz Grandes visitó a su amigo y camarada en San Leonardo, visita que también realizaron figuras como el general Asensio o Vegas Latapie.
La mejor calidad de vida obtenida con su traslado a Burgos no le impide protestar por el trato injusto que, según su criterio, sigue recibiendo de las autoridades locales. El 1 de febrero de 1942 escribe nuevamente al ministro Varela una carta en la que se demuestra que no ha aprendido nada, al menos en la línea que le quería enseñar Franco con su destierro:
«Durante estos meses he callado por creer que ése era mi deber, pero los momentos son graves y más difíciles que los de la guerra, y yo estoy en mi casa cómodamente sin responsabilidad de mando. En la guerra a los que están cómodos en retaguardia se les critica, y hasta se les descalifica, si no piden constantemente, hasta la tozudez y la impertinencia, un puesto, el más modesto, el más ingrato. No quiero que el día de mañana puedan acusarme mi conciencia, ni nadie, de no haber agotado todos los recursos. Además, de esta súplica de capital importancia para mí, hago llegar hasta ti respetuosamente mi intranquilidad, mi honda preocupación en los momentos actuales.
Tú, mejor que yo, conoces los problemas que nos agobian y el malestar que producen. En este ambiente, nuestro enemigo de siempre, cada día [tachadura] más reorganizado y con más medios, está maniobrando con una habilidad y unos resultados maravillosos. Cada día aumenta sus filas y desorganiza las nuestras.
El fomentar todos los odios, ambiciones y envidias aumenta y divulga todas las noticias desagradables, y cuando no las hay las inventa; se ha filtrado en nuestras filas y, valiéndose de sus armas principales, la mentira y la calumnia, nos está dividiendo en bandas cada vez más irreconciliables; la ola de desprestigio que sobre las principales figuras del Movimiento han lanzado está teniendo un éxito que a ellos mismos les sorprende.
Y nosotros, mientras tanto, ¿qué hacemos? Facilitarles el juego manteniendo la intranquilidad en miles de hogares con la lentitud de la justicia y con la falta de un mínimo de garantías personales y, lo que es peor, dejarles con nuestra insensatez y credulidad, deshacernos y producir constantemente bajas en nuestras filas, más difíciles cada vez de reemplazar.
Consecuencia de esto, está entrando el desaliento en muchos corazones y se está incubando la rebeldía en otros. Esto es terrible; no sé quién tendrá la razón, ni quién vencerá; lo que sé es que la vencida será España si esta descomposición no la atajamos enérgicamente y rápidamente.
Para esto no hay más que un medio: que todos los que pusimos nuestra alma en la preparación y ejecución del Movimiento, olvidando agravios, dejando a un lado consideraciones de orden personal y para más tarde lo que no es fundamental y puede esperar, formemos una unión sagrada alrededor del Caudillo y nos juramentemos solemnemente a que prevalezca sobre palabras y chismes, hechos, vidas y conductas; a decirle siempre individualmente y colectivamente la verdad y a impedir viril y enérgicamente que nadie falte al juramento, ni pueda volvernos a dividir con chismes ni promesas.
Esto es lo que me dicta mi conciencia y mi patriotismo. Te ruego que reflexiones y pido a Dios que os ilumine en estos momentos críticos, que requieren una radical y urgente decisión [la entrada en la guerra].