Estos propósitos no evitaron que los muertos fuesen más de los deseables, pues cualquier cifra de la que hablemos en una guerra civil siempre es trágica.
Esto nos lleva al problema de las cantidades. Se han dado numerosas cifras, en muchos casos sin base científica, disparatadas. Se ha llegado a hablar hasta de nueve mil personas fusiladas en los primeros días, lo que supondría la casi totalidad de los varones adultos de una ciudad de escasos cuarenta mil habitantes. La cifras contrastadas más fiables de las que disponemos hasta la actualidad dicen que hasta finales de 1936 fueron fusilados medio millar de prisioneros, una cantidad nada despreciable,[274] que junto a los muertos no registrados y los caídos en los combates elevan la cifra de muertos en Badajoz como consecuencia de la guerra, sobre todo en el mes de agosto, a una horquilla como mínimo de mil quinientas personas y como máximo de dos mil quinientas.
Buena parte de los militares adictos a la República murieron durante los combates o fueron pasados por las armas, como ocurrió con el dubitativo coronel Cantero Ortega, aunque no así con el jefe de la guarnición, el coronel Puigdengolas, que logró huir a Portugal. La represión se cebó especialmente en los suboficiales del ejército y en el Cuerpo de Carabineros, del que fueron fusilados, el día 17 de agosto, 23 de sus miembros. No sabemos cuántos milicianos había en Badajoz provenientes de otros puntos de la región, lo que impide hacer un estudio cuantitativo serio de los muertos en combate y de la subsiguiente represión en los días inmediatos a la liberación de la ciudad. Sabemos que algunas autoridades republicanas y milicianos fueron entregados con posterioridad a los combates por la policía portuguesa a los nacionales, pero también sabemos que mil quinientos huidos de Badajoz lograron embarcar en Lisboa y llegar a Tarragona a bordo del buque Nyassa: partió el 10 de octubre de 1936, tardó dos días en hacer el viaje, siempre escoltado por el buque de la armada portuguesa Douro.[275] Hubo también un buen número de huidos de Badajoz que solicitaron volver a la España nacional —mediante escritos a Franco, Queipo de Llano, Gil Robles y al nuevo gobernador de Badajoz— para integrarse en su ejército.[276]
Según el Registro Civil los muertos en agosto fueron 198; 178 en septiembre; 81 en octubre; 58 en noviembre y 3 en diciembre. Como vemos, los sucesos de agosto, momento en que la represión sabemos que fue más fuerte, tuvieron escasa repercusión registral. Así, tras los primeros días, nada más ser tomada la ciudad, se normalizó el sistema de los consejos de guerra, que sabemos tenían su correspondiente asiento en el Registro Civil.
La tesis doctoral de Martín Rubio, que cuando aparezca este libro ya habrá sido defendida, sobre la Guerra Civil en Extremadura, sin lugar a dudas contribuirá decisivamente en este debate. La represión nacional en Badajoz capital la cifra Martín Rubio en 1.084, de los que señala que en agosto sólo fueron fusiladas 168 personas, un 15,5 por ciento del total, aunque señala que estas cifras no son definitivas, pues las inscripciones del Registro Civil comienzan en 1937. Cifra la represión total de los sublevados comprobada en Badajoz, entre 1937 y 1945, en 590 fusilados.[277] Cifras comprobadas, pero algo menores a las que realmente se produjeron. Por su parte, el historiador Rodríguez Jiménez afirma:
Los resistentes no abatidos en las murallas o durante los combates callejeros, son conducidos a la plaza de toros, incrustada a la muralla, edificio que ha sido recientemente derruido. A partir de la noche de ese 14 de agosto los allí encerrados comienzan a ser fusilados. Se trata de al menos seiscientas ochenta y ocho personas, cuyos cuerpos fueron incinerados tras las tapias del cementerio —bien para impedir que el sofocante calor de aquellos días descompusiera los cuerpos o para agilizar este tipo de labores— o enterrados en fosas comunes.