Les malalties de Pere i fill. Mort de Pere III
Mentre Bernat de Fortià seguia, al cap de les forces reials, l’«execució» contra el comte d’Empúries, i aquest veia reduir-se la seva força, la posició del primogènit, clos en una estricta neutralitat en el plet que es debatia, però simpatitzant amb el seu cunyat, encara que la seva sortida a Durban l’hagués acreditat de ferm defensor de les fronteres del país, perdia eficàcia. Però un mes després d’haver tramès al seu pare la carta personal on, tot rebatent les acusacions que li feia, fonamentava les raons d’una política interior i exterior completament oposada a la del rei, el primogènit pogué pensar que el moment del seu triomf s’acostava. A Figueres, on es trobava, Pere III va caure greument malalt d’unes febres terçanes. La campanya contra el comte d’Empúries, al qual només li quedaven els reductes de Verges i Castelló, va veure’s suspesa. Però el rei va refer-se, tot i la seva edat, prou de pressa per tornar a Bernat de Fortià i al seu partit de petits nobles empordanesos l’esperança d’acabar feliçment amb el poder feudal de llur enemic. Aquest, que s’ha exiliat, no para de maldar per crear una lliga prou potent per a envair Catalunya i restablir els seus drets. I té l’esperança que Joan l’ajudarà.
El primogènit es troba aleshores en el moment més dramàtic de la seva pugna amb el seu pare. La protecció de l’infant a una dama que és, de fa molts anys, enemiga personal de Sibil·la de Fortià, Constança d’Aragó, provoca un altre dels rampells d’ira del seu pare. Aquella «negra e àvol fembra, filla del diable», com li diu Pere III, es troba a Saragossa, i el rei vol que la hi li lliurin. Però el primogènit també és allà i la protegeix. Pere va arribar a destituir el seu fill i a fer-li obrir un procés. Com que ja no era lloctinent general dels seus regnes, les autoritats aragoneses no l’havien d’obeir. Però el justícia d’Aragó negà la validesa de la destitució, i el rei s’esbravà en cartes indignades contra les autoritats saragossanes, i especialment contra Domingo Cerdan, el justícia, al qual escrivia: «E sepades que somos más meravillados de vós que no de otro alguno, qui sodes batlle e official antiguo, hombre por nós feyto, e sabedes qué quiere dezir Rey e Senyor, e si sus vassallos no le son obedientes sabedes por qué manera se debe enantar».
A les festes del jubileu del rei, en el cinquantenari de la seva coronació, per Pasqua de l’any 1386, no assisteixen tampoc Joan ni Martí. Tot aquell any va estar marcat per la discòrdia entre el rei i els seus fills. Martí intentava de mantenir-se a igual distància del seu pare i el seu germà, però aquest darrer, que sempre havia tingut damunt seu un domini marcat, el privava de fer els actes de total submissió que reclamava Pere III. La muller del comte de Xèrica, la filla d’aquell comte de Luna tan estimat pel rei, dona senzilla i de bon caràcter, mantingué tanmateix una cordial relació amb Pere i Sibil·la.
Pel juny i juliol del 1386, i desitjós de tenir una entrevista decisiva amb el seu pare, Joan va estar-se un mes i mig a Martorell, esperant que el rei, que es trobava a Barcelona, l’autoritzés a entrar a la ciutat per retre-li l’homenatge de fidelitat i d’afecte que, per carta, tantes vegades li havia reiterat. Però el vell sobirà no el va voler rebre, a despit de la intercessió de Martí, i Joan, en tornar-se’n a Girona decebut i humiliat, hagué de plànyer-se de les maquinacions que seguien fent-se contra ell i que l’allunyaven, amb calúmnies i acusacions de «persones malvades qui són prop lo senyor Rey», de la confiança del seu pare.
Aleshores va caure malalt. La seva malaltia va ésser prou greu per a fer creure que podia morir, i el seu pare, en saber-ho, donà ordres que el fill del duc, el Delfí, com l’anomenaven els seus pares, fos custodiat pels jurats de Girona, en cas de mort del primogènit. Però fou el rei qui, després d’un nou i més fort atac de les febres terçanes que ja l’havien tingut enllitat un any abans, va finar a Barcelona, en la soledat més completa, el 5 de gener del 1387.