Al llegar a Kazán a finales de diciembre, Bíbikov hubo de concluir que la situación era más seria de lo que había sido capaz de advertir nadie desde la capital. A su entender, no cabía tener miedo a Pugachov como individuo, sino como símbolo de descontento popular generalizado. Sus fuerzas atacaron enseguida a fin de librar a Oremburgo de un asedio que se había prolongado ya doce meses y en el que la escasez de alimentos había alcanzado extremos temibles. Pugachov opuso una resuelta resistencia con nueve mil hombres y 36 cañones, pero quien decidió la batalla fue la artillería del ejército regular, dotada con servidores profesionales. «Pedro III», derrotado, huyó a Berda tras ver caer presos a cuatro mil de sus hombres. El sitio de Oremburgo había llegado a su fin.

En el cuartel general de Pugachov en Berda, todos sus lugartenientes y el resto de su séquito estaban dispuestos a poner pies en polvorosa, pero sabían que solo podrían escapar quienes fueran a caballo. «Queden a su suerte los campesinos», fue el principio que se siguió. «El pueblo llano no está conformado por guerreros, sino por borregos.»180 El 23 de marzo, Pugachov abandonó Berda junto con dos mil hombres y dejó atrás al resto de su ejército. La vanguardia de Bíbikov entró en la ciudad aquel mismo día, aunque las tropas regulares perdieron su ventaja cuando al general, responsable de la victoria, le entró una fiebre repentina que lo llevó a la tumba. Catalina, compungida, dio por sentado que sus subordinados completarían la misión. Pugachov desapareció en los Urales.

Antes de morir, Bíbikov había garantizado a la zarina: «Carece de fundamento sospechar de la influencia extranjera».181 La emperatriz escribió entonces a Voltaire y atribuyó «este episodio extravagante» al hecho de estar la región de Oremburgo «habitada por todos los gandules de los que ha tenido a bien librarse Rusia durante los últimos cuarenta años, siguiendo el mismo mecanismo que el que se usó para poblar las colonias americanas».182 Defendió la indulgencia mostrada para con los prisioneros rebeldes en carta remitida a su amiga frau Bielcke de Hamburgo, que había expresado su desaprobación a la falta de severidad de las medidas adoptadas: «Dado que tanto os gustan los ahorcamientos, puedo deciros que ya se ha colgado a cuatro o cinco desdichados, y lo desacostumbrado de semejante pena tiene mil veces más efecto aquí que en lugares en los que se ejecuta a diario».183

Catalina, creyendo concluida la rebelión, apartó la atención de Pugachov durante los tres meses siguientes para volver a centrarla en la ofensiva rusa sobre el Danubio. No abandonó, empero, la investigación sobre las causas del levantamiento. Un informe del 21 de mayo de 1774 fue a confirmar la evaluación que había hecho Bíbikov contra una posible conspiración nacional o extranjera: la revuelta se atribuyó a la explotación por parte de Pugachov del descontento imperante entre los cosacos del Yaik, los pueblos tribales y los siervos que operaban en la industria metalúrgica de los Urales. El cabecilla se describía como un hombre burdo y sin formación, aunque los investigadores advertían de que también era hábil, ingenioso y persuasivo: un ser peligroso que no debía obviarse ni olvidarse hasta que estuviese muerto o hubiera sido entregado envuelto en cadenas a los oficiales del imperio.