Su respuesta dio ánimos a Catalina, que también notó la ausencia de la emperatriz aquella noche, justo después de haber ordenado el arresto de su principal ministro.
Al día siguiente, Gottlieb von Stambke, el administrador de Holstein que estaba próximo a Bestúzhev, le llevó buenas noticias. Dijo que acababa de recibir una nota clandestina del conde Bestúzhev pidiéndole comunicar a la gran duquesa que no tenía por qué preocuparse, pues había tenido tiempo de quemar todos sus papeles. Entre ellos estaban, sobre todo, los borradores de su propuesta para que la gran duquesa compartiera el poder con Pedro a la muerte de Isabel. Además, el antiguo canciller había dicho que mantendría a Stambke informado de cuanto le sucediera durante los interrogatorios y transmitiría las preguntas que le formulasen. Catalina preguntó a Stambke por qué canal había recibido la nota de Bestúzhev. Él le respondió que había sido el intérprete de trompa de Bestúzhev y que, en adelante, todas las comunicaciones se depositarían en un montón de ladrillos que había cerca de la casa de Bestúzhev.
A los pocos días, Stambke regresó a los aposentos de Catalina, asustado y pálido, para comunicarle que la correspondencia entre el conde Bestúzhev y el conde Poniatowski había sido interceptada. Habían arrestado al trompa. El propio Stambke esperaba ser destituido, si no arrestado, en cualquier momento, y había ido a despedirse. Catalina estaba segura de que ella no había cometido ningún error, y sabía que, aparte de Miguel Vorontsov, Iván Shuválov y el embajador francés, todo el mundo en San Petersburgo estaba convencido de que el conde Bestúzhev era inocente de cualquier delito.
Además, la comisión encargada de procesar al antiguo canciller estaba atravesando ciertas dificultades. Se había sabido que, al día siguiente del arresto de Bestúzhev, en casa de Iván Shuválov se iniciaron unos preparativos secretos para publicar un manifiesto que informaría a la población: pretendían explicar por qué la emperatriz se había visto obligada a arrestar a su antiguo servidor. Incapaces de hallar y plantear ningún delito concreto, los acusadores decidieron que el crimen sería de lesa majestad: se había ofendido a la emperatriz «tratando de sembrar la discordia entre Su Majestad Imperial y Su Alteza Imperial».109 El 27 de febrero de 1758 salió a la luz el manifiesto que anunciaba el arresto, los cargos y los hechos de que a Bestúzhev se lo había despojado de sus títulos y condecoraciones y una comisión especial se encargaría de investigarlo. Aquel documento tan falto de solidez no convenció a nadie en San Petersburgo, y el público consideró ridículo amenazar al antiguo hombre de Estado con el exilio, la confiscación de sus propiedades y otros castigos, sin presentar pruebas del delito, sin proceso y sin juicio.
La primera medida que tomó la comisión fue igualmente absurda. Ordenaron a todos los embajadores, enviados y oficiales rusos en las cortes extranjeras que mandasen copia de todos los despachos que el conde Bestúzhev les había escrito durante los veinte años que había estado a la cabeza del Ministerio de Asuntos Exteriores de Rusia. Alegaron que el canciller escribía lo que él quería, oponiéndose a los deseos de la emperatriz. Pero como la emperatriz Isabel jamás escribió ni firmó nada, era imposible demostrar que el canciller había actuado en contra de sus órdenes. En cuanto a las órdenes verbales, la emperatriz apenas podía haber dictado al canciller un número significativo de tales órdenes, puesto que en ocasiones él había tenido que esperar meses sin que ella lo recibiese. De todo aquello, pues, no salió nada. Entre el personal de las embajadas, nadie se molestó en examinar los archivos que se remontaban a tantos años atrás en busca de unos delitos cometidos por un hombre cuyas instrucciones habían obedecido fielmente aquellos mismos subordinados. ¿Quién podía saber si todo aquello no acabaría salpicándolos a ellos también? Además, una vez llegasen aquellos documentos a San Petersburgo, pasarían años de investigación para localizar e interpretar cuantos datos, favorables o desfavorables, pudieran contener. Hicieron caso omiso de la orden. Las averiguaciones se prolongaron todo un año. No obtuvieron ninguna prueba, pero el antiguo canciller fue exiliado a una de sus fincas, en la que permaneció hasta que, tres años más tarde, Catalina se convirtió en la emperatriz.
Con la marcha de Stambke a Holstein, Catalina dejó de manejar los asuntos del ducado de Pedro. La emperatriz le dijo a su sobrino que no aprobaba la participación de la esposa en el gobierno de su ducado hereditario. Pedro, que había alentado con entusiasmo la participación de Catalina en esta empresa, declaró ahora que estaba de acuerdo con su tía. La emperatriz solicitó entonces oficialmente al rey de Polonia que ordenara el regreso del conde Poniatowski.
Cuando Catalina se enteró de la destitución de Stambke y la vuelta a casa de Poniatowski, reaccionó de inmediato: ordenó a Vasili Shkurin, su ayuda de cámara, que reuniera todos sus papeles y libros de cuentas y se los trajera. Cuando lo tuvo todo en su habitación, Catalina despidió a Shkurin y lanzó al fuego todos los documentos: todas las cartas y papeles que había recibido; así desapareció su manuscrito de su Retrato de una filósofa de quince años, que escribiera en 1744 para el conde Gyllenborg. Cuando no quedaban más que cenizas, llamó de nuevo a Shkurin: «Sois testigo de que se han quemado todos mis papeles y documentos. Si alguna vez os interrogasen sobre su paradero, podréis jurar que me visteis quemarlos».110 Shkurin agradeció que le hubiera ahorrado estar implicado.