Figures emblématiques des aires protégées africaines, les grands parcs abritant la faune sauvage d’Afrique orientale et australe, comme celui du Serengeti en Tanzanie, masquent une réalité variée. Le PNUE recense environ 7 500 sites sur le continent : ils comprennent les espaces de conservation ou de protection de la nature reconnus par l’UICN (réserves naturelles, parcs nationaux, etc.), tels que le parc transfrontalier du W (Bénin, Burkina Faso et Niger), ou ceux relevant d’un dispositif international, comme le complexe des lacs Ambondro et Sirave à Madagascar, récemment inscrit sur la liste des sites Ramsar. Les structures privées telles que la réserve de chasse de Sabi Sands jouxtant le parc Kruger en Afrique du Sud complètent cette liste.
Cependant, la multiplication des aires protégées n’est pas un gage de protection et de conservation effectives d’écosystèmes ou d’espèces menacées. Plusieurs parcs africains sont en effet des « parcs de papier », dont l’existence se réduit à un statut et à des limites sur les cartes. L’instabilité politique et les conflits armés, le développement des réseaux routiers ou des activités extractives, ou encore des budgets insuffisants et des gestions inefficaces sont à l’origine de la dégradation des ressources de nombreux parcs. Ainsi, pendant les conflits armés qui ont ravagé l’est de la RDC, les parcs nationaux (dont l’iconique Virunga) furent très affectés par le braconnage, la déforestation et l’exploitation minière.
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L’objectif de protection et de conservation des patrimoines environnementaux se heurte souvent en Afrique à celui du développement, processus consommateur de ressources naturelles. Concilier les deux est un enjeu pour les aires protégées, dont les emprises spatiales entravent les activités agricoles, pastorales ou extractives. La création de quelques emplois directs et indirects pour les populations riveraines (parfois déplacées hors des espaces protégés) est une mince compensation. Les revenus du tourisme de vision ou de la chasse sont encore trop faibles pour assurer une rentabilité à des aires protégées qui pèsent sur les budgets environnementaux des États. Ces aires protégées sont soutenues par les grandes ONG et l’aide publique. Ainsi, avec une contribution de 9 millions d’euros, l’AFD et le FFEM sont les principaux partenaires financiers du parc des Quirimbas (Mozambique), créé en 2002 avec l’appui du WWF. Ces ressources extérieures sont indispensables au fonctionnement, voire à la survie, d’un grand nombre d’aires protégées. Mais en imposant des normes et des modèles de protection conduisant à une réduction de la souveraineté des États sur de vastes territoires, les grandes ONG occidentales sont parfois accusées d’exercer une forme d’ingérence écologique et de promouvoir un néocolonialisme vert.
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Le nombre d’AMP a fortement augmenté en Afrique depuis les années 2000. Plusieurs d’entre elles combinent les objectifs de protection d’écosystèmes marins menacés et de gestion de ressources halieutiques, en s’appuyant sur une gestion participative. C’est le cas de celle de Kayar au Sénégal : créée en 2004 au nord de Dakar, elle s’étend sur un territoire de 171 km2 et recèle une fosse marine profonde de 3000 m, dont la richesse halieutique est assurée par le phénomène d’upwelling. Chaque année, 500 à 700 pirogues de pêcheurs y capturent 34 000 tonnes de poisson, soit 8 % des produits de la pêche artisanale du Sénégal. L’AMP de Kayar, qui repose sur la participation des communautés de pêcheurs tant pour la définition des règles de pêche (interdiction des filets dormant) que sur leur application, a permis d’enrayer la raréfaction des ressources observée dès les années 1970 et d’aplanir les relations conflictuelles entre les pêcheurs locaux et ceux d’autres régions.
