In het algemeen kun je zeggen dat er in de bovenste delen van het spijsverteringskanaal slechts enkele en in de onderste delen, zoals de dikke darm en het rectum, heel veel bacteriën zitten. Veel bacteriën hebben een voorkeur voor de dunne darm, andere leven uitsluitend in de dikke darm. Sommige bacteriën zitten het liefst in de blindedarm, in het slijmvlies of vlak bij onze darmcellen.

Het is niet altijd even gemakkelijk om de micro-organismen in de darm te leren kennen, want ze laten zich niet zomaar uit hun wereld halen. Als je ze in het laboratorium op een voedingsbodem zet om ze te bekijken, werken ze niet mee. Huidkiemen zouden gewoon het laboratoriumvoedsel opeten en kleine bacteriënbergjes vormen, maar darmkiemen doen dat niet. Meer dan de helft van de bacteriën uit ons spijsverteringskanaal is gewoon zo aan ons gewend dat ze buiten ons lichaam niet kunnen overleven. Onze darm is hun wereld; daar worden ze beschermd tegen zuurstof, ze houden van de vochtige warmte en genieten van het voorgeproefde eten.

Tien jaar geleden zouden veel wetenschappers waarschijnlijk nog hebben beweerd dat er een bepaalde hoeveelheid darmbacteriën is en dat die hoeveelheid bij alle mensen ongeveer gelijk is. Want als ze poep uitstreken op een voedingsbodem vonden ze bijvoorbeeld altijd E. coli-bacteriën. Zo eenvoudig was dat. Maar tegenwoordig is het mogelijk om met een apparaat 1 gram poep moleculair te onderzoeken en dan worden genetische restanten gevonden van vele miljarden bacteriën. Inmiddels is bekend dat E. coli minder dan één procent van de bacteriën in de darm uitmaakt. In onze darm zitten meer dan duizend verschillende bacteriesoorten. Daar komen bovendien nog eens minderheden bij uit het rijk van de virussen en de gisten, zoals schimmels en verschillende eencelligen.

Ons immuunsysteem zou de eerste instantie zijn die iets aan deze enorme kolonisatie zou kunnen doen. Vrij bovenaan in zijn agenda staat: het lichaam verdedigen tegen alles wat vreemd is. Vaak gaat het immuunsysteem de strijd al aan tegen kleine pollen die per ongeluk in onze neus zijn terechtgekomen. Mensen die allergisch zijn voor pollen reageren daar dan op met een loopneus en rode ogen. Hoe is het dan mogelijk dat tegelijkertijd een bacterieel festival in onze ingewanden wordt gevierd?