La Seconda Guerra dei Maghi
Allo scoppio della seconda Guerra dei Maghi, Minerva non era più disposta a fare da spia per un Ministero che riteneva ormai corrotto e pericoloso. La sua decisione fu indubbiamente cementata dall’arrivo a Hogwarts di Dolores Jane Umbridge, ispettore del Ministero e insegnante di Difesa contro le Arti Oscure, con cui Minerva si scontrò più violentemente che con qualsiasi altro collega nella sua lunga e poliedrica carriera. In seguito allo scontro coi Mangiamorte che avevano invaso Hogwarts alla morte di Albus Silente, Minerva divenne membro a pieno titolo dell’Ordine della Fenice, ora più che mai un’organizzazione clandestina.
Minerva McGonagall gestì la scuola per breve tempo e, dopo la nomina di Severus Piton alla carica di Preside, decise di rimanere a insegnare per proteggere gli studenti dalle maligne attenzioni dei Carrow, i Mangiamorte imposti da Voldemort come insegnanti. Nonostante la nota lealtà di Minerva nei confronti del professor Silente, Voldemort e i suoi seguaci non volevano perdere una strega tanto capace e la ritenevano troppo saggia per non volersi unire a loro una volta che si fossero assicurati la vittoria.
In questo, però, si sbagliavano. Le azioni di Minerva McGonagall durante la famosa Battaglia di Hogwarts dimostrarono che la sua lealtà verso l’Ordine della Fenice non era mai venuta meno. Fu una delle ultime ad affrontare Voldemort prima della sua morte e sopravvisse. In seguito, divenne una Preside di successo e un’ispirazione per la scuola che aveva servito tanto a lungo e con tale abilità. Minerva McGonagall fu successivamente insignita dell’Ordine di Merlino, Prima Classe, dal nuovo Ministro della Magia, Kingsley Shacklebolt, e poco dopo apparve su una figurina della serie Streghe e Maghi Famosi delle Cioccorane, un riconoscimento che ammise di non essersi mai aspettata.