Como corolario de la gran importancia que le concede Diderot al tema de las pasiones surge la pregunta ética básica: «¿Qué debe hacer el hombre para ser feliz?». Si bien nunca elaboró un sistema moral completo, el filósofo se hizo esta pregunta como principio fundamental del análisis de las pasiones: ser feliz, este es el principal deseo que impulsa a todo ser humano. Pero ¿cómo hacer para conseguirlo?

Las pasiones, es verdad, representan un estímulo importante, pero siempre hay que someterlas a la racionalidad que las organiza, de tal manera que ninguna prevalezca sobre las demás en detrimento del conjunto; la racionalidad no se opone a las pasiones, pero para Diderot, que se basa en Spinoza, representa precisamente la pasión más elevada y más noble de todas. En la oposición entre diafragma (en tanto que sede de las emociones) y cerebro (en tanto que sede de la racionalidad), el segundo es siempre preferible al primero, incluso a costa de forzar su naturaleza.

Diderot escribe lo siguiente en El sueño de d’Alembert:

El gran hombre, si desgraciadamente recibió esta disposición natural [la de dejarse dominar por el diafragma], se encargará sin tregua de debilitarla, de dominarla, de hacerse dueño de sus movimientos y de conservar todo su dominio en la raíz del haz [el cerebro]. Entonces, se dominará ante los peligros más grandes, juzgará con frialdad, pero de manera saludable. No se le escapará nada de lo que pueda servir a sus deseos, contribuir a su destino; difícilmente se le sorprenderá; tendrá cuarenta y cinco años; será gran rey, gran ministro, gran político, gran artista, sobre todo gran actor, gran filósofo, gran poeta, gran músico, gran médico; reinará sobre él mismo y sobre todo lo que le rodea.

En pocas palabras: si consigue ejercer un dominio racional sobre sus pasiones, el hombre será feliz.

Es importante observar que, según Diderot, la tendencia natural de un hombre (por ejemplo, a dejar más espacio al diafragma y no al cerebro) puede ser dominada y transformada. En el ámbito moral, el pensador parece así superar el mecanicismo que relacionaba necesariamente causas físicas y efectos psicológicos en la dirección de una al menos aparente aceptación de libertad. ¿Cómo podría el hombre decidir que triunfe el cerebro sobre el diafragma, que en algunos asuntos está más desarrollado, si no fuera libre? Evidentemente, Diderot no aborda el tema de la libertad individual de forma global en ninguna de sus obras, y en el Sueño refleja también la opinión contraria a la que se acaba de mencionar: d’Alembert, tanto cuando sueña como cuando está despierto, cree que quiere llamar a su criado, que quiere meditar acerca de un problema matemático, levantarse de la mesa de trabajo y salir, pero en realidad cada una de estas acciones no deriva de un acto libre de voluntad, sino del conjunto de los estados físico-biológicos del hombre y de los entornos ambientales.

Por tanto, cada acto humano sería solamente «el último resultado de todo lo que ha sido desde su nacimiento hasta el momento presente». Según esta segunda perspectiva, aunque esté recogida en la misma obra, la libertad individual parecería una mera ilusión psicológica, cuyo sujeto sería víctima únicamente por ignorancia. De hecho, no puede llegar a conocer la infinita cadena de causas que determina su actuación momentánea. En términos generales. Diderot no despeja la aporía de la libertad, negada teóricamente a partir del determinismo materialista, pero afirmada de algún modo como necesaria en el plano práctico. Varios años más tarde, Immanuel Kant describirá muy bien esta ambivalencia al afirmar que la libertad es una antinomia para la razón pura —es decir, no puede ser ni afirmada ni negada— pero una necesidad para la razón práctica, sin la cual es absolutamente imposible fundar la ética.

En opinión de Paolo Casini, la ambivalencia ética mostrada por Diderot está motivada por el difícil momento que la reflexión moral estaba atravesando en la Francia del siglo XVIII. Por un lado, el ethos aristocrático se estaba haciendo añicos, y, por el otro, el burgués nacía tras un período de gestación bastante turbulenta. Diderot aboga por este cambio de paradigma moral. No obstante, lo que está claro es que la reflexión diderotiana presenta un fuerte impulso en una dirección pragmática, y que la búsqueda de la felicidad se manifiesta especialmente al vencer el miedo a morir, haciendo que esta pasión quede clara. De nuevo, en el Sueño, sostiene:

[el sabio] no le temerá a la muerte, miedo que, como dijo de forma sublime el estoico, es un asa a la que el fuerte se aferra para conducir al débil a donde le parece; romperá el asa y al mismo tiempo se liberará de toda la tiranía de este mundo. Los seres sensibles o los locos están en el escenario, y él entre el público; es él el sabio.

En este estadio surge claramente la principal referencia ética de Diderot: los estoicos, en especial Séneca y Epicteto, que en el ejercicio de la racionalidad buscaban la manera de obviar las pasiones, muy a menudo nocivas. En contraste con La Mettrie, quien en 1751 escribió el Anti-Séneca que Diderot criticaría atrozmente, para él Séneca representará el ideal de la independencia de espíritu y juicio, a pesar de las zonas de sombra que aún quedan en la vida del filósofo que fue preceptor de Nerón.

Pero es precisamente en el Ensayo sobre los reinados de Claudio y Nerón y sobre las costumbres y los escritos de Séneca, para servir como introducción a la lectura de este filósofo, publicado en 1782, es decir, al final de su vida, donde Diderot verá al antiguo estoico como modelo de referencia que sustituye al amado Sócrates de su juventud. Séneca encarna, entre otras cosas, la figura del filósofo que es fiel a sus deberes civiles y políticos hasta el final y que no abandona su cometido, aun cuando el último vestigio de humanidad ha desaparecido del ánimo y del comportamiento de su discípulo. A Epicteto, en cambio, le dedica las líneas finales de Elementos de fisiología, que hemos citado en contadas ocasiones, donde Diderot escribe:

La filosofía es otro aprendizaje de la muerte, meditación habitual y profunda que nos arrebata todo lo que nos rodea y nos aniquila. El miedo a la muerte, dice el estoico, es un asa con la que el fuerte nos agarra y nos conduce a donde le parece. Romped el asa y huid de la mano del fuerte. Existe una única virtud, la justicia; un solo deber, ser felices; un solo corolario: no sobreestimar la vida y no temer a la muerte.

Si la ética diderotiana es ante todo un control racional de las pasiones y, sin lugar a dudas, una búsqueda de la felicidad, se considera libre de cualquier sumisión a una revelación divina y en cierto sentido innata en el hombre, que posee ya en su interior los valores morales más altos. Cabe recordar a este respecto que Diderot fue un atento lector, traductor y comentarista de Shaftesbury, quien, a diferencia de Hobbes, definió el altruismo como una tendencia espontánea para el hombre. Pero para Diderot, el valor principal de la ética continúa siendo de tipo práctico. No es tan importante discutir sobre los valores (virtud, bondad, justicia, libertad) como traducirlos a la práctica, en especial en el contexto político-social.

Hacia esto tenderá el trabajo de la Enciclopedia, encaminada a una palingenesia social a través de la difusión de la cultura. Rompiendo con el pasado y con una visión que rendía la ética a la religión, los enciclopedistas tratarán de reconstruir la sociedad y los valores morales sobre bases racionales.

Con cierto utilitarismo, derivado de la ética inglesa, la Enciclopedia plantea un saber que cobra sentido solo en una perspectiva de progreso pragmático. El valor moral de la ciencia está entonces representado por el hecho de que esta modifique las condiciones de la sociedad, contribuyendo a hacer la humanidad más feliz.

Está claro que no podemos afirmar que la Enciclopedia contenga una ética sistemática, pero en su conjunto contribuyó a «cambiar la forma ordinaria de pensar», también a través de las reflexiones morales que contenía, el elogio de los hombres virtuosos, los ejemplos de vicios y virtudes recogidos a través de los retratos de Sócrates, Platón, Maquiavelo, Montaigne y Hobbes. Además, por medio de esta obra maduró en Francia la ética burguesa que, al cabo de unos años, jugaría un importante papel en la Revolución francesa.