Las «acciones del alma», según Descartes, dependen de nuestra voluntad y pueden acabar en la misma alma o terminar en nuestro cuerpo. Por otro lado, las pasiones afectan al alma, pero dependiendo del cuerpo a través de la transmisión nerviosa y son, por ejemplo:

Estas son las ilusiones de nuestros sueños, y también las ensoñaciones que a menudo tenemos estando despiertos, cuando nuestro pensamiento vaga indolente sin aplicarse a nada.

Las percepciones que azotan nuestra alma a través de los nervios son, para Descartes, de tres clases: «las percepciones que relacionamos con objetos que están fuera de nosotros», a saber, la luz, el sonido, los olores, con los movimientos correlacionados de los nervios, del cerebro y del alma: «las percepciones que relacionamos con nuestro cuerpo», como el hambre, la sed, el dolor, el placer, que sentimos en nuestros miembros y en nuestros órganos y no en los objetos externos a nosotros; «las percepciones que relacionamos con nuestra alma», es decir, la alegría, la rabia, el amor y el odio. Solo estas últimas son, para Descartes, pasiones del alma en sentido estricto, pues son totalmente internas a la res cogitans y no se confunden de ningún modo con las primeras dos tipologías de pasiones. Sin embargo, por su misma naturaleza, las pasiones del alma son también el «lugar mental» donde se manifiesta la unión recíproca de cuerpo y alma, res extensa y res cogitans, y ambas presentan síntomas corporales. Diderot también le reconoce una gran importancia a las pasiones y sostiene:

Atacamos sin tregua las pasiones […]. Sin embargo, solo las pasiones, y las grandes pasiones, pueden elevar el espíritu a grandes cosas. Sin ellas ya no existe lo sublime, ni en las costumbres ni en las obras; las artes retroceden a su infancia, la virtud se convierte en pedante. Las pasiones moderadas producen hombres comunes […]. Las pasiones reprimidas degradan a los hombres excepcionales […]. El colmo de la locura sería proponerse suprimir las pasiones. Tal es el proyecto del devoto, que se atormenta como un desatino para no desear, no amar, no sentir nada, y que se transformaría en un auténtico monstruo si se llevasen a cabo sus propósitos.

Al igual que muchos filósofos libertinos y materialistas del siglo XVIII, partiendo de la base cartesiana de análisis de las pasiones, Diderot rebate la distinción entre los actos psicológicos de voluntad que acaban en el alma y los actos físicos corporales determinados por el deseo, además de la distinción entre las percepciones corpóreas y las psicológicas. Como ya hemos podido observar, el filósofo no acepta ni supera el dualismo cartesiano, pero con respecto de las pasiones recupera dos lecciones fundamentales de su predecesor: el que las pasiones sean todas buenas y que se deban evitar solo su mal uso y sus excesos, y el que solo de las pasiones dependan todo el bien y todo el mal de esta vida.

De nuevo en Elementos de fisiología, esta vez en la parte que dedica a los fenómenos del cerebro, Diderot aborda el tema de las pasiones y lo hace empezando por la superación del dualismo cartesiano en dirección de un monismo que lee las pasiones como fenómeno del pensamiento (hasta aquí Descartes también habría estado de acuerdo) y el pensamiento como localizado físicamente en el cerebro. Por tanto, la denominada «alma», según Diderot, correspondería al cerebro y a sus funciones, y las pasiones del alma cartesianas no serían sino afecciones totalmente físicas derivadas de los fenómenos cerebrales. No solo en lo que se refiere a las pasiones, sino también por la parte más activa de la res cogitans, la voluntad, Diderot se distancia de Descartes, afirmando que incluso la voluntad hunde sus raíces físicas en el deseo:

Se dice que el deseo nace de la voluntad; es lo contrario: del deseo nace la voluntad. El deseo es hijo de la organización, la felicidad y la desgracia hijas del bienestar, o del malestar. Se aspira a la dicha.

Esa es la única pasión que guía al hombre: ser feliz. Esta pasión puede recibir diferentes nombres dependiendo de los objetos hacia los que se dirige y debe considerarse como un vicio o una virtud dependiendo de su violencia, de sus medios y de sus efectos.

De vuelta a la definición del único órgano corporal como animal in animali, como organismo vivo incluido en el Todo vivo más amplio, Diderot hace hincapié en que cada uno de los órganos está dotado de sus pasiones, y estas también están basadas en la relación entre placer y dolor y coordinadas por el cerebro para el bienestar de la totalidad del cuerpo humano.

Diferencia entre el Todo y el órgano: el Todo prevé y el órgano no prevé. El Todo se prueba, el órgano no se prueba; el Todo evita el dolor, el órgano no lo evita, lo siente e intenta librarse de él.

No obstante, entre el dolor y el placer, es más fuerte el dolor porque este agita los nervios (y, en consecuencia, el cerebro) de manera más violenta, mientras que el placer no llega a actuar sobre los nervios hasta causarles daño o, si esto sucede, aquel se transforma en dolor.

Según la perspectiva diderotiana, las pasiones son expresiones orgánicas de necesidades humanas, tienen como objetivo la felicidad, se concretan en movimientos del cuerpo y están sujetas a un ritmo de crecimiento, desarrollo y crisis:

El furor inflama los ojos, aprieta los puños y los dientes, entorna los párpados. La soberbia alza la cabeza, la seriedad la hace más firme. Todas las pasiones afectan a los ojos. La frente, los labios, la lengua, los órganos de la voz, los brazos, las piernas, el porte, el color del rostro, las glándulas salivales. El corazón, el pulmón, el estómago, las arterias y venas, todo el sistema nervioso, escalofríos, calor. La correspondencia de las pasiones con el movimiento de los órganos se observa en el hombre, en los animales […]. Las crisis de las pasiones se manifiestan por erupciones, diarreas, sudores, desfallecimientos, lágrimas, por el estremecimiento, el temblor, la transpiración.

Las pasiones pueden conducir a un potenciamiento del órgano que originariamente las ha producido o a su degradación hasta el delirio:

El ojo se oscurece, el oído zumba. La pasión varía, el delirio es el mismo. El delirio del amor, idéntico que el delirio de la ira, etc. Nadie ha hablado de esta identidad de delirios, sin embargo muestra bien que hay muchos objetos de pasión, pero pocas pasiones, o pocos órganos de pasión. En los arrebatos de las pasiones violentas, las partes se aproximan, se encogen, se vuelven densas como la piedra. Por poco que haya durado este estado, va seguido de un gran cansancio.

Debido a la «simpatía» que relaciona a los diferentes órganos corporales, la pasión ejercida sobre uno de ellos repercute también en todos los demás por medio del cerebro. Cada pasión tiene un grado y una evolución propios que la hacen aumentar o disminuir. Las dos pasiones esenciales son el amor y el odio:

El amor y el odio parecen producir en los órganos efectos contrarios. El amor se abalanza al exterior, la aversión se retrae hacia adentro. Observad al hombre que desea: sus ojos, sus mejillas, sus brazos, sus manos, sus pies, sus pulmones se dirigen hacia afuera. El amor arroja al hombre hacia afuera, acerca el objeto con el mismo movimiento, está muy cerca: lo cogemos, lo besamos. Nos metemos en la cama de la persona que amamos: la llevamos a la nuestra.

Estas dos pasiones presentan manifestaciones corporales precisas y opuestas: el amor extiende las dimensiones del cuerpo, el odio lo encoge. De entre todas las pasiones, en cambio, el amor es sin duda la más compleja y ambivalente. Cuando es llevada a buen fin, puede aumentar la potencia de la máquina y acrecentar el bienestar psicofísico. Pero al contrario, puede tener efectos devastadores, llegando hasta el suicidio o al homicidio. La peculiaridad de la pasión amorosa reside en el hecho de que esta no se basa únicamente en el deseo físico y en el movimiento de los órganos, sino también en la imaginación:

Creo que las ilusiones del amor proceden de lo arbitrario de las formas que constituyen la belleza Asociación falsa y caprichosa de la idea de placer con la idea de belleza. Como soy tan feliz entre los brazos de esta mujer, es bella, por tanto hay que tener los ojos como los suyos, la boca como la suya para hacerme tan feliz.

Pero aun siendo una pasión en la que la imaginación es tan importante, ni siquiera el amor tiene un objetivo, una finalidad interna; su ideal y su belleza espiritual son articuladas por Diderot en sus causas corporales. Además del amor, pasión paradigmática y camaleónica, en Elementos de fisiología se describen asimismo todas las demás pasiones a través de los síntomas corporales que generan, pero sin dar en ningún momento un juicio de valor sobre estas. Las pasiones no son de hecho buenas o malas en sí, sino solamente a partir de la acción de los demás fenómenos cerebrales, como la memoria, la imaginación y la voluntad. Así pues, para Diderot, en última instancia, el resultado de la dinámica pasional depende de manera exclusiva, una vez más, de la potencia o de la debilidad del cerebro, la gran araña situada en el centro de la telaraña.