A kisagy arra is kiváló példa, hogyan haladják meg az agy képességei az azt meghatározó tömör genomét. A genom agyra vonatkozó része főképpen az egyes idegsejtfajták részletes felépítését írja le (beleértve a dendriteket, dendrittüskéket és szinapszisokat is), és azt, hogyan reagáljanak ezek a struktúrák a stimulációra és a változásra. A tulajdonképpeni „kapcsolási rajzra” viszonylag kevés genomkód vonatkozik. A kisagyban az alapvető kapcsolási rajz több milliárdszor megismétlődik. Nyilvánvaló, hogy a genom nem tartalmaz konkrét információt ennek a kisagyi struktúrának minden egyes ismétlődésére vonatkozóan, hanem arra nézve ír elő bizonyos korlátozásokat, hogy miként ismétlődjön meg ez a struktúra (ahogy a többi szerv esetében sem határozza meg minden egyes sejt pontos helyét).

A kisagy kimeneteinek egy része körülbelül kétszázezer alfa- motoros neuronhoz jut el, ezek határozzák meg a test hozzávetőleg hatszáz izmához küldött végső jeleket. Azonban az alfa-motoros neuronok bemenetei nem közvetlenül határozzák meg ezeknek az izmoknak a mozgásait, mert tömörebb, jelenleg még kevésbé ismert módon vannak kódolva. Az izmokhoz küldött végső jelzések az idegrendszer alacsonyabb szintjein kerülnek meghatározásra, nevezetesen az agytörzsben és a gerincvelőben.^{292} Érdekes módon ez az elrendezés szélsőséges formát ölt a polipban, melynek központi idegrendszere nagyon magas szintű parancsokat küld az összes karnak (például „fogd meg azt a tárgyat és húzd közelebb!”), és az egyes karok független perifériás idegrendszerére hagyja a feladat végrehajtását.^{293}

Az elmúlt években nagyon sokat megtudtunk a kisagy három alapvető idegfajtájáról. A „kúszórostoknak” nevezett idegek adják a kisagy tanítására szolgálók jeleket. A kisagy kimenetének nagy része a nagy Purkinje-sejtekből ered (amiket Johannes Purkinjéről neveztek el, mivel ő azonosította a sejtet 1837-ben), melyek mindegyike körülbelül kétszázezer inputot (szinapszist) fogad, szemben az átlagos idegsejtek körülbelül ezer inputjával. Az inputok nagyrészt a szemcsesejtekből jönnek, amelyek a legkisebb idegsejtek, körülbelül hatmillió található egy négyzetmilliméteren belőlük. A kisagynak a gyerekek kézírástanulása közben betöltött szerepére irányuló kutatás megmutatta, hogy a Purkinje-sejtek mintát vesznek a mozgássorozatból, és mindegyik más és más mintára érzékeny.^{294} Nyilvánvaló, hogy a kisagynak folyamatos perceptuális útmutatásra van szüksége a vizuális kéregtől. A kutatók össze tudták kapcsolni a kisagy sejtjeinek szerkezetét azzal a megfigyeléssel, hogy fordított arányosság áll fent a kézírás sebessége és görbülete között – azaz gyorsabban írunk, ha egyenes vonalakat rajzolunk az egyes betűk aprólékos görbéi helyett.^{295}

Az aprólékos sejtkutatásoknak és az állatkísérleteknek köszönhetően lenyűgöző matematikai leírásokkal rendelkezünk a kisagy fiziológiájára és szinapszisainak szerveződésére, valamint az inputjaiban és outputjaiban történő információkódolásra és a benne végrehajtott transzformációkra vonatkozóan.^{296} Javier F. Medina, Michael D. Mauk és munkatársaik a Texasi Orvosi Egyetemen több kutatás adatait összegyűjtve megtervezték a kisagy részletes, fordított szimulációját. Több mint tízezer szimulált idegsejtből és háromszázezer szinapszisból áll, és megtalálható benne a kisagyi sejtek összes fő típusa.^{297} A sejtek és szinapszisok kapcsolatait egy számítógép határozza meg, amely korlátokat és szabályokat betartva „huzalozza be” a szimulált kisagyi területet, hasonlóan ahhoz a sztochasztikus (korlátok között véletlenszerű) metódushoz, amit a genetikus kód használ a valódi emberi agy felépítéséhez.^{298} Nem lenne nehéz a Texasi Egyetem szimulációját kibővíteni több szinapszisra és sejtre.